De prime abord, la « laïcité pénitentiaire » apparaît à l’égard de la pratique de la religion plus bienveillante que dans le cadre d’autres services publics notamment parce qu’il pèse sur l’État en vertu de la loi de 1905 et de la loi pénitentiaire de 2009 une obligation positive d’assurer le libre exercice du culte et l’agrément des aumôniers pénitentiaires. Pourtant l’examen du contentieux administratif lié à l’exercice de la religion en prison (environ 125 décisions depuis 2003), qui n’est pas nécessairement révélateur du quotidien pénitentiaire, fait apparaître un « religieux carcéral » de plus en plus conflictuel, vecteur de revendications diverses liées à l’exercice du culte ou à la pratique religieuse, mais aussi source d’une répression administrative à l’égard des personnes détenues dans un contexte de lutte contre la radicalisation.