JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Nucleic Acids Research Année : 2022

JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles

Jaime A Castro-Mondragon
Rafael Riudavets-Puig
Ieva Rauluseviciute
Roza Berhanu Lemma
  • Fonction : Auteur
Laura Turchi
Romain Blanc-Mathieu
Benoit Ballester
  • Fonction : Auteur
Jeremy Lucas
Paul Boddie
  • Fonction : Auteur
Aziz Khan
Nicolás Manosalva Pérez
  • Fonction : Auteur
Oriol Fornes
Tiffany y Leung
Alejandro Aguirre
Fayrouz Hammal
Daniel Schmelter
  • Fonction : Auteur
Damir Baranasic
  • Fonction : Auteur
Albin Sandelin
  • Fonction : Auteur correspondant
  • PersonId : 952233

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Boris Lenhard
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Klaas Vandepoele
Wyeth W Wasserman
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François Parcy
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Anthony Mathelier
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Résumé

JASPAR (http://jaspar.genereg.net/) is an open-access database containing manually curated, non-redundant transcription factor (TF) binding profiles for TFs across six taxonomic groups. In this 9th release, we expanded the CORE collection with 341 new profiles (148 for plants, 101 for vertebrates, 85 for urochordates, and 7 for insects), which corresponds to a 19% expansion over the previous release. We added 298 new profiles to the Unvalidated collection when no orthogonal evidence was found in the literature. All the profiles were clustered to provide familial binding profiles for each taxonomic group. Moreover, we revised the structural classification of DNA binding domains to consider plant-specific TFs. This release introduces word clouds to represent the scientific knowledge associated with each TF. We updated the genome tracks of TFBSs predicted with JASPAR profiles in eight organisms; the human and mouse TFBS predictions can be visualized as native tracks in the UCSC Genome Browser. Finally, we provide a new tool to perform JASPAR TFBS enrichment analysis in user-provided genomic regions. All the data is accessible through the JASPAR website, its associated RESTful API, the R/Bioconductor data package, and a new Python package, pyJASPAR, that facilitates serverless access to the data.
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Origine : Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte

Dates et versions

hal-03463821 , version 1 (02-12-2021)

Licence

Paternité - Pas d'utilisation commerciale

Identifiants

Citer

Jaime A Castro-Mondragon, Rafael Riudavets-Puig, Ieva Rauluseviciute, Roza Berhanu Lemma, Laura Turchi, et al.. JASPAR 2022: the 9th release of the open-access database of transcription factor binding profiles. Nucleic Acids Research, 2022, 50 (D1), pp.D165-D173. ⟨10.1093/nar/gkab1113⟩. ⟨hal-03463821⟩

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