La similarité entre molécules est un sujet très étudié dans le domaine de la pharmacologie et de la modélisation moléculaire. Jusqu'à présent, bien que présentant de nombreux avantages, les représentations 3D des surfaces moléculaires ont été assez peu employées pour trouver des similarités entre molécules. Dans cette étude, nous montrons qu'il est possible d'appliquer des techniques de recalage 3D usuellement utilisées dans d'autres domaines (reconstruction 3D, vision par ordinateur, etc.) pour identifier des similarités entre molécules. Pour cela nous avons représenté ces dernières à l'aide de nuage de points 3D colorés, la couleur étant liée aux propriétés physico-chimiques des atomes composant les molécules. Ensuite, nous les avons alignés en appliquant successivement un recalage global, et un recalage local spécifique aux nuages colorés. En se basant sur des mesures de fitness et de distance géométrique, nous montrons que notre approche est particulièrement efficace pour superposer des molécules de taille semblable mais aussi lorsqu'elles sont de tailles différentes.