COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms - Archive ouverte HAL
Pré-Publication, Document De Travail Année : 2021

COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms

Marek Ostaszewski (1) , Anna Niarakis , Alexander Mazein , Inna Kuperstein , Robert Phair , Aurelio Orta-Resendiz , Vidisha Singh , Sara Sadat Aghamiri , Marcio Luis Acencio , Enrico Glaab , Andreas Ruepp , Gisela Fobo , Corinna Montrone , Barbara Brauner , Goar Frishman , Luis Cristóbal Monraz Gómez , Julia Somers , Matti Hoch , Shailendra Kumar Gupta , Julia Scheel , Hanna Borlinghaus , Tobias Czauderna , Falk Schreiber , Arnau Montagud , Miguel Ponce de Leon , Akira Funahashi , Yusuke Hiki , Noriko Hiroi , Takahiro G Yamada , Andreas Dräger , Alina Renz , Muhammad Naveez , Zsolt Bocskei , Francesco Messina , Daniela Börnigen , Liam Fergusson , Marta Conti , Marius Rameil , Vanessa Nakonecnij , Jakob Vanhoefer , Leonard Schmiester , Muying Wang , Emily E Ackerman , Jason Shoemaker , Jeremy Zucker , Kristie Oxford , Jeremy Teuton , Ebru Kocakaya , Gökçe Yağmur Summak , Kristina Hanspers , Martina Kutmon , Susan Coort , Lars Eijssen , Friederike Ehrhart , D a B Rex , Denise Slenter , Marvin Martens , Nhung Pham , Robin Haw , Bijay Jassal , Lisa Matthews , Marija Orlic-Milacic , Andrea Senff Ribeiro , Karen Rothfels , Veronica Shamovsky , Ralf Stephan , Cristoffer Sevilla , Thawfeek Varusai , Jean-Marie Ravel , Rupsha Fraser , Vera Ortseifen , Silvia Marchesi , Piotr Gawron , Ewa Smula , Laurent Heirendt , Venkata Satagopam , Guanming Wu , Anders Riutta , Martin Golebiewski , Stuart Owen , Carole Goble , Xiaoming Hu , Rupert W Overall , Dieter Maier , Angela Bauch , Benjamin M Gyori , John A Bachman , Carlos Vega , Valentin Grouès , Miguel Vazquez , Pablo Porras , Luana Licata , Marta Iannuccelli , Francesca Sacco , Anastasia Nesterova , Anton Yuryev , Anita de Waard , Denes Turei , Augustin Luna , Ozgun Babur , Sylvain Soliman , Alberto Valdeolivas , Marina Esteban-Medina , Maria Peña-Chilet , Kinza Rian , Tomáš Helikar , Bhanwar Lal Puniya , Dezso Modos , Agatha Treveil , Marton Olbei , Bertrand de Meulder , Aurélien Dugourd , Aurélien Naldi , Vincent Noël , Laurence Calzone , Chris Sander , Emek Demir , Tamas Korcsmaros , Tom C Freeman , Franck Augé , Jacques S Beckmann , Jan Hasenauer , Olaf Wolkenhauer , Egon L Wilighagen , Alexander R Pico , Chris T Evelo , Marc E Gillespie , Lincoln D Stein , Henning Hermjakob , Peter d'Eustachio , Julio Saez-Rodriguez
Anna Niarakis
Alexander Mazein
Inna Kuperstein
Robert Phair
Aurelio Orta-Resendiz
Vidisha Singh
Sara Sadat Aghamiri
Marcio Luis Acencio
Enrico Glaab
Andreas Ruepp
Gisela Fobo
  • Fonction : Auteur
Corinna Montrone
  • Fonction : Auteur
Barbara Brauner
  • Fonction : Auteur
Goar Frishman
  • Fonction : Auteur
Luis Cristóbal Monraz Gómez
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Julia Somers
Matti Hoch
Shailendra Kumar Gupta
Julia Scheel
Hanna Borlinghaus
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Tobias Czauderna
Falk Schreiber
  • Fonction : Auteur
Arnau Montagud
Miguel Ponce de Leon
Akira Funahashi
Yusuke Hiki
Noriko Hiroi
Takahiro G Yamada
Andreas Dräger
Alina Renz
Muhammad Naveez
Zsolt Bocskei
Francesco Messina
Daniela Börnigen
Liam Fergusson
  • Fonction : Auteur
Marta Conti
  • Fonction : Auteur
Marius Rameil
Vanessa Nakonecnij
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Jakob Vanhoefer
Leonard Schmiester
Muying Wang
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Emily E Ackerman
Jason Shoemaker
  • Fonction : Auteur
Jeremy Zucker
Kristie Oxford
Jeremy Teuton
Ebru Kocakaya
Gökçe Yağmur Summak
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Kristina Hanspers
Martina Kutmon
Susan Coort
Lars Eijssen
Friederike Ehrhart
D a B Rex
  • Fonction : Auteur
Denise Slenter
Marvin Martens
Nhung Pham
Robin Haw
Bijay Jassal
Lisa Matthews
Marija Orlic-Milacic
Andrea Senff Ribeiro
Karen Rothfels
Veronica Shamovsky
  • Fonction : Auteur
Ralf Stephan
Cristoffer Sevilla
Thawfeek Varusai
Jean-Marie Ravel
Rupsha Fraser
Vera Ortseifen
Silvia Marchesi
Piotr Gawron
Ewa Smula
Laurent Heirendt
Venkata Satagopam
Guanming Wu
Anders Riutta
Martin Golebiewski
Stuart Owen
Carole Goble
Xiaoming Hu
Rupert W Overall
Dieter Maier
  • Fonction : Auteur
Angela Bauch
Benjamin M Gyori
John A Bachman
Carlos Vega
Valentin Grouès
Miguel Vazquez
Pablo Porras
Luana Licata
Marta Iannuccelli
  • Fonction : Auteur
Francesca Sacco
Anastasia Nesterova
Anton Yuryev
  • Fonction : Auteur
Anita de Waard
Denes Turei
Augustin Luna
Ozgun Babur
Sylvain Soliman
Alberto Valdeolivas
Marina Esteban-Medina
Maria Peña-Chilet
Kinza Rian
Tomáš Helikar
Bhanwar Lal Puniya
Dezso Modos
Agatha Treveil
Marton Olbei
Bertrand de Meulder
Aurélien Dugourd
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Aurélien Naldi
Vincent Noël
  • Fonction : Auteur
Laurence Calzone
Chris Sander
Emek Demir
Tamas Korcsmaros
Tom C Freeman
Franck Augé
Jacques S Beckmann
Jan Hasenauer
Olaf Wolkenhauer
Egon L Wilighagen
Alexander R Pico
Chris T Evelo
Marc E Gillespie
Lincoln D Stein
Henning Hermjakob
Peter d'Eustachio
Julio Saez-Rodriguez

Résumé

We describe a large-scale community effort to build an open-access, interoperable, and computable repository of COVID-19 molecular mechanisms - the COVID-19 Disease Map. We discuss the tools, platforms, and guidelines necessary for the distributed development of its contents by a multi-faceted community of biocurators, domain experts, bioinformaticians, and computational biologists. We highlight the role of relevant databases and text mining approaches in the enrichment and validation of the curated mechanisms. We describe the contents of the Map and their relevance to the molecular pathophysiology of COVID-19 and the analytical and computational modelling approaches that can be applied for mechanistic data interpretation and predictions. We conclude by demonstrating concrete applications of our work through several use cases and highlight new testable hypotheses.
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Origine Fichiers produits par l'(les) auteur(s)

Dates et versions

hal-03385317 , version 1 (24-02-2021)
hal-03385317 , version 2 (19-10-2021)

Identifiants

Citer

Marek Ostaszewski, Anna Niarakis, Alexander Mazein, Inna Kuperstein, Robert Phair, et al.. COVID-19 Disease Map, a computational knowledge repository of SARS-CoV-2 virus-host interaction mechanisms. 2021. ⟨hal-03385317v1⟩
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