La mer Méditerranée réunit de forts enjeux économiques (transports mondiaux, tourisme, pêche), sociaux (immigration) et environnementaux (hotspot de biodiversité, et zone fortement impactée par le changement climatique). Cette petite mer semi-fermée apparaît alors comme un espace adapté pour interroger deux outils de protection environnementale du milieu marin : les listes rouges de l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) et les aires protégées. Cette étude s’attache à comprendre la mise en place de ces deux outils sur le milieu marin, après avoir analysé l’émergence des enjeux environnementaux dans les arènes politiques et scientifiques. Basée sur une méthodologie regroupant observation participante au sein d’une institution vouée à la protection des espaces insulaires de Méditerranée, entretiens semi-directifs et analyses de documents, cette étude propose une réflexion s’appuyant sur des concepts et des cadres d’analyses développés par les science studies, les sciences de gestion et la géographie. L’objectif est d’analyser la construction des enjeux environnementaux en formalisant une dynamique cyclique reliant objet scientifique et sujet environnemental politique. Les enjeux marins sont repositionnés dans cette dynamique en étudiant plus particulièrement la place des incertitudes. L’objectif de l’étude est d’interroger la pertinence du transfert des deux outils utilisés dans les politiques de protection de la biodiversité (listes rouges et aires protégées) du milieu terrestre vers le milieu marin. Ces outils ne s’adaptent pas aussi facilement au milieu marin où les données naturalistes sont moindres et les usages peu compatibles avec certains objectifs des aires protégées.