Les aliments fermentés traditionnels sont essentiels dans les régimes alimentaires méditerranéens et constituent également un héritage culturel et gastronomique riche. La fabrication et les saveurs associées à ces aliments reposent sur l’activité des flores microbiennes naturellement présentes dans l’environnement de production. Ces consortia microbiens parfois très complexes sont pourtant peu caractérisés, malgré leur contribution majeure à la typicité mais également à la durée de vie et aux qualités sanitaires des produits fermentés. En conséquence, une amélioration du management des ressources microbiennes serait nécessaire pour aider les producteurs locaux à améliorer la qualité sanitaire de leur production et in fine améliorer leur durée de vie tout en préservant leur authenticité. Dans le cadre du projet européen (Arimnet2) « PROMEDFOODS » coordonné par le Professeur Jérôme Mounier, un travail de thèse sera initié en étroite collaboration avec des producteurs locaux autour de deux aliments fermentés traditionnels : les olives noires de table et un fromage au lait cru. Les objectifs pour le LUBEM-INRA seront (i) d’étudier la diversité microbienne (bactérienne et fongique) associée à ces deux produits (ii) de suivre leur dynamique au cours de la fabrication via des approches culture-dépendantes (i.e. préservation des ressources microbiennes) et -indépendantes (i.e. métabarcoding et métagénomique), (iii) d’identifier et sélectionner des souches dominantes bénéfiques et (iv) de mettre à profit ces souches chez le producteur pour améliorer le contrôle de la fermentation et la qualité des produits. L’ensemble de ces résultats contribuera à une connaissance approfondie de la diversité taxonomique et fonctionnelle des microorganismes autochtones des aliments fermentés traditionnels.