MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue eLife Année : 2015

MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D

Anne-Lise Routier-Kierzkowska
  • Fonction : Auteur
Daniel Kierzkowski
  • Fonction : Auteur
George Bassel
  • Fonction : Auteur
Thierry Schüpbach
  • Fonction : Auteur
Gerardo Tauriello
  • Fonction : Auteur
Namrata Bajpai
  • Fonction : Auteur
Sören Strauss
  • Fonction : Auteur
Alain Weber
  • Fonction : Auteur
Annamaria Kiss
Agata Burian
  • Fonction : Auteur
Hugo Hofhuis
  • Fonction : Auteur
Aleksandra Sapala
  • Fonction : Auteur
Marcin Lipowczan
  • Fonction : Auteur
Maria Heimlicher
  • Fonction : Auteur
Sarah Robinson
  • Fonction : Auteur
Emmanuelle Bayer
  • Fonction : Auteur
Konrad Basler
  • Fonction : Auteur
Petros Koumoutsakos
  • Fonction : Auteur
Adrienne Hk Roeder
  • Fonction : Auteur
Tinri Aegerter-Wilmsen
  • Fonction : Auteur
Naomi Nakayama
Miltos Tsiantis
  • Fonction : Auteur
Angela Hay
  • Fonction : Auteur
Dorota Kwiatkowska
  • Fonction : Auteur
Ioannis Xenarios
Cris Kuhlemeier
  • Fonction : Auteur

Résumé

Morphogenesis emerges from complex multiscale interactions between genetic and mechanical processes. To understand these processes, the evolution of cell shape, proliferation and gene expression must be quantified. This quantification is usually performed either in full 3D, which is computationally expensive and technically challenging, or on 2D planar projections, which introduces geometrical artifacts on highly curved organs. Here we present MorphoGraphX (www.MorphoGraphX.org), a software that bridges this gap by working directly with curved surface images extracted from 3D data. In addition to traditional 3D image analysis, we have developed algorithms to operate on curved surfaces, such as cell segmentation, lineage tracking and fluorescence signal quantification. The software's modular design makes it easy to include existing libraries, or to implement new algorithms. Cell geometries extracted with MorphoGraphX can be exported and used as templates for simulation models, providing a powerful platform to investigate the interactions between shape, genes and growth.

Dates et versions

hal-03339827 , version 1 (09-09-2021)

Identifiants

Citer

Pierre Barbier de Reuille, Anne-Lise Routier-Kierzkowska, Daniel Kierzkowski, George Bassel, Thierry Schüpbach, et al.. MorphoGraphX: A platform for quantifying morphogenesis in 4D. eLife, 2015, 4, ⟨10.7554/eLife.05864⟩. ⟨hal-03339827⟩
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