Les agences d’expertise ont comme mission de rassembler les connaissances spécialisées disponibles sur un sujet, pour fonder les meilleures décisions possibles. Elles consultent les chercheurs, experts au sein de leurs comités et groupes de travail, pour repérer et analyser les connaissances issues de la recherche. Si l’on enquête dans les agences, la réalité est différente. Il apparait qu’elles trient, sélectionnent et hiérarchisent les connaissances issues de la recherche en fonction d’un cadre de connaissance particulier. Ce cadrage discret, puisque non affiché, produit une expertise qui, au final, ne reflète pas systématiquement l’état de la recherche sur un sujet donné. La logique politique qui sous-tend ce cadrage des connaissances est une logique de légitimation des agences. Elle renvoie notamment à la manière dont elles gèrent les critiques et mises en cause qui ne manquent pas d’apparaître dans la gestion des sujets incertains et controversés que sont les risques. Dans cette communication, on illustrera ces pratiques de cadrage des connaissances, et on explorera leur sous-bassement à la fois politique, règlementaire et organisationnel, en prenant des exemples relevant des activités de l’ANSES ou de l’EFSA.