Alors que la pédagogie différenciée tend aujourd'hui à être considérée comme la solution pour faire réussir des publics d'élèves perçus comme de plus en plus hétérogènes, un certain nombre de travaux de recherche montrent que les dispositifs "différenciateurs" peuvent avoir des effets pervers. Tant les recherches sur les ZEP que les travaux sur les groupes de niveaux, ou encore des évaluations ponctuelles comme celles des GAPP, mettent en évidence des progressions scolaires souvent plus faibles chez les élèves "bénéficiant" de ce type de dispositif. Parmi les processus susceptibles d'expliquer ces effets inattendus, il y a le fait que l'on passerait subrepticement d'une différenciation des méthodes pédagogiques à une différenciation des objectifs eux-mêmes, ou encore les effets d'étiquetage analysés par les psychologues sociaux. Au total, ces dispositifs constituent des milieux d'apprentissage et de socialisation qui fonctionnent largement sur le mode de la prophétie qui se réalise elle-même.