L'objectif de cet article consiste à discuter-à partir des exemples kenyan et ougandais-les ressorts de la nouvelle ingénierie universitaire qui se fabrique et se met en oeuvre dans la région de l'Afrique de l'Est. Deux principaux instruments structurant le secteur de l'enseignement supérieur sont pris en exemple : les normes d'assurance qualité et les objectifs nationaux régulant, dans les programmes de développement des gouvernements, les pratiques sur les savoirs. Nous démontrons que lorsque l'on s'arrête sur la fabrique de ces Instruments d'Action Publique (IAP), nos deux études de cas présentent des trajectoires similaires, tant sur la nature de ces instruments que sur les acteurs qui les impulsent. Pour autant, les cas kenyans et ougandais donnent à voir des résultats contrastés sur la mise en oeuvre des IAP et, plus largement, sur les réformes d'enseignement supérieur. Alors que le cas kenyan de l'Université de Nairobi valide l'importance prise par les IAP dans la régulation du secteur et de ses institutions, l'exemple ougandais de l'Université de Makerere illustre plutôt les décalages et les effets originaux et non-désirés qui peuvent se produire lors de l'implémentation des IAP.