Critical Assessment of Metaproteome Investigation (CAMPI): A Multi-Lab Comparison of Established Workflows
Tim van den Bossche
(1, 2)
,
Benoit J Kunath
(3)
,
Kay Schallert
(4)
,
Stephanie Schäpe
(5)
,
Paul Abraham
(6)
,
Jean Armengaud
(7)
,
Magnus Ø. Arntzen
(8)
,
Ariane Bassignani
(9)
,
Dirk Benndorf
(10, 11)
,
Stephan Fuchs
(12)
,
Richard Giannone
(6)
,
Timothy Griffin
(13)
,
Live Hagen
(8)
,
Rashi Halder
(3)
,
Céline Henry
(9)
,
Robert Hettich
(6)
,
Robert Heyer
(4)
,
Pratik Jagtap
(13)
,
Nico Jehmlich
(5)
,
Marlene Jensen
(14)
,
Catherine Juste
(9)
,
Manuel Kleiner
(14)
,
Olivier Langella
(15)
,
Theresa Lehmann
(4)
,
Emma Leith
(13)
,
Patrick May
(3)
,
Bart Mesuere
(1, 16)
,
Guylaine Miotello
(7)
,
Samantha Peters
(6)
,
Olivier Pible
(7)
,
Udo Reichl
(4, 11)
,
Bernhard Renard
(12, 17)
,
Henning Schiebenhoefer
(17, 12)
,
Alexander Scryba
(18)
,
Alessandro Tanca
(19)
,
Kathrin Trappe
(12)
,
Jean-Pierre Trezzi
(3, 20)
,
Sergio Uzzau
(19)
,
Pieter Verschaffelt
(1, 16)
,
Martin von Bergen
(5)
,
Paul Wilmes
(3)
,
Maximilian Wolf
(4)
,
Lennart Martens
(1, 2)
,
Thilo Muth
(21)
1
VIB -
Vlaams Instituut voor Biotechnologie = Flanders Institute for Biotechnology [Ghent]
2 Department of Biomolecular Medicine
3 LCSB - Luxembourg Centre For Systems Biomedicine
4 OVGU - Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]
5 UFZ - Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research
6 ORNL - Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]
7 MTS - Médicaments et Technologies pour la Santé
8 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
9 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé
10 Anhalt University of Applied Sciences
11 Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems
12 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
13 Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota
14 NC State - North Carolina State University [Raleigh]
15 GQE-Le Moulon - Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale)
16 Department of Applied Mathematics, Computer Science and Statistics - Vakgroep Toegepaste Wiskunde en Informatica [Gent]
17 Hasso Plattner Institute [Potsdam, Germany]
18 Universität Bielefeld = Bielefeld University
19 UNISS - Università degli Studi di Sassari = University of Sassari
20 LIH - Luxembourg Institute of Health
21 BAM - Federal Institute for Materials Research and Testing - Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung
2 Department of Biomolecular Medicine
3 LCSB - Luxembourg Centre For Systems Biomedicine
4 OVGU - Otto-von-Guericke-Universität Magdeburg = Otto-von-Guericke University [Magdeburg]
5 UFZ - Helmholtz Zentrum für Umweltforschung = Helmholtz Centre for Environmental Research
6 ORNL - Oak Ridge National Laboratory [Oak Ridge]
7 MTS - Médicaments et Technologies pour la Santé
8 NMBU - Norwegian University of Life Sciences
9 MICALIS - MICrobiologie de l'ALImentation au Service de la Santé
10 Anhalt University of Applied Sciences
11 Max Planck Institute for Dynamics of Complex Technical Systems
12 RKI - Robert Koch Institute [Berlin]
13 Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota
14 NC State - North Carolina State University [Raleigh]
15 GQE-Le Moulon - Génétique Quantitative et Evolution - Le Moulon (Génétique Végétale)
16 Department of Applied Mathematics, Computer Science and Statistics - Vakgroep Toegepaste Wiskunde en Informatica [Gent]
17 Hasso Plattner Institute [Potsdam, Germany]
18 Universität Bielefeld = Bielefeld University
19 UNISS - Università degli Studi di Sassari = University of Sassari
20 LIH - Luxembourg Institute of Health
21 BAM - Federal Institute for Materials Research and Testing - Bundesanstalt für Materialforschung und -prüfung
Tim van den Bossche
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 806259
- ORCID : 0000-0002-5916-2587
Kay Schallert
- Fonction : co premier-auteur
- PersonId : 806260
- ORCID : 0000-0002-1683-7222
Stephanie Schäpe
- Fonction : co premier-auteur
Jean Armengaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740098
- IdHAL : jean-armengaud
- ORCID : 0000-0003-1589-445X
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Magnus Ø. Arntzen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800580
- ORCID : 0000-0002-1803-727X
Ariane Bassignani
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801578
- ORCID : 0000-0001-6267-4519
Dirk Benndorf
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771967
- ORCID : 0000-0003-4021-8525
Stephan Fuchs
- Fonction : Auteur
- PersonId : 803704
- ORCID : 0000-0002-1338-2699
Timothy Griffin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806261
- ORCID : 0000-0001-6801-2559
Live Hagen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806262
- ORCID : 0000-0003-2606-5331
Rashi Halder
- Fonction : Auteur
- PersonId : 805238
- ORCID : 0000-0002-1402-1254
Céline Henry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1151397
- IdHAL : celine-henry-inrae
- ORCID : 0000-0002-2355-1791
- IdRef : 203644174
Robert Hettich
- Fonction : Auteur
- PersonId : 803330
- ORCID : 0000-0001-7708-786X
Robert Heyer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806263
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Pratik Jagtap
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800618
- ORCID : 0000-0003-0984-0973
Nico Jehmlich
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793677
- ORCID : 0000-0002-5638-6868
Marlene Jensen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806264
- ORCID : 0000-0001-9351-3996
Manuel Kleiner
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793242
- ORCID : 0000-0001-6904-0287
Olivier Langella
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740636
- IdHAL : olivier-langella
- ORCID : 0000-0002-3039-6718
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Patrick May
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764895
- ORCID : 0000-0001-8698-3770
Guylaine Miotello
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1225276
- ORCID : 0000-0002-2398-1249
Samantha Peters
- Fonction : Auteur
- PersonId : 800559
- ORCID : 0000-0002-3755-9786
Olivier Pible
- Fonction : Auteur
- PersonId : 794856
- IdHAL : olivier-pible
- ORCID : 0000-0003-4398-6730
Bernhard Renard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806266
- ORCID : 0000-0003-4589-9809
Henning Schiebenhoefer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806267
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Alessandro Tanca
- Fonction : Auteur
- PersonId : 806268
- ORCID : 0000-0002-6066-7048
Martin von Bergen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 801601
- ORCID : 0000-0003-2732-2977
Paul Wilmes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 780490
- ORCID : 0000-0002-6478-2924
Lennart Martens
- Fonction : co dernier-auteur
- PersonId : 780316
- ORCID : 0000-0003-4277-658X
Thilo Muth
- Fonction : co dernier-auteur
- PersonId : 800758
- ORCID : 0000-0001-8304-2684
Résumé
Metaproteomics has matured into a powerful tool to assess functional interactions in microbial communities. While many metaproteomic workflows are available, the impact of method choice on results remains unclear.
Domaines
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
|---|---|
| Licence |