En faisant dialoguer deux terrains de recherche conduits au Maroc et en Tunisie selon une démarche anthropologique, nous mettrons en lumière les questions que la migration africaine pose aujourd'hui aux institutions chrétiennes, catholique et protestante. Quelles reconfigurations religieuses la présence des migrants induitelle ? D'un côté, les églises « historiques » des grandes villes, en tant qu'héritières des églises officielles, ont augmenté le nombre de leurs fidèles et de leurs offices. De l'autre, les églises pentecôtistes et charismatiques sont apparues dans les quartiers périphériques. Nous décrirons dans cet article, d'une part, les dynamiques nouvelles entre Églises catholique et protestante au Maroc et en Tunisie, et d'autre part, nous analyserons les manières différenciées dont les autorités ecclésiastiques des deux pays composent avec les orientations distinctes au sein du protestantisme entre les cultes historique et pentecôtiste. Notre hypothèse est que l'histoire des congrégations religieuses chrétiennes au Maghreb, implantées depuis le milieu du XIX e siècle, continue d'influer sur les équilibres actuels.