Le bourg castral de Jougne participe depuis le Moyen Âge au contrôle et à la défense d’une antique voie de franchissement du Jura. L’étude de cas menée sur les ouvrages fortifiés de Jougne à travers les archives et l’analyse du bâti conservé a révélé sept phases de construction successives, qui offrent une compréhension plus fine de l’évolution de ces fortifications, montrant des reprises, des modernisations et un entretien continu des lieux depuis le Moyen Âge central jusqu’à la fin de l’époque moderne. Jougne reste en effet un des rares exemples de l’utilisation d’un bourg dans la défense du territoire national français au xviiie siècle. L’étude permet aussi de mieux percevoir le développement d’un bourg castral montagnard au fort potentiel archéologique et l’importance de ce dernier dans l’histoire comtoise durant cinq à six siècles. Elle engage à poursuivre l’examen et à l’étendre au réseau et système fortifié de la zone cruciale de passage qu’était la cluse de Jougne dite aussi « cluse du fort de Joux », fort qui reste à étudier.