Nous disposons d’une base de données physico-chimiques et biologiques mesurées entre 2007 et 2013 sur des stations de rivière du RCS –Réseau de Contrôle et de Surveillance- de la France métropolitaine (fournie par l’AFB –Agence Française de Biodiversité). Pour chaque station nous disposons d’une séquence de mesures qui sont discrétisées selon la grille SeqEau pour la physico-chimie et les seuils DCE pour la biologie. Les données discrétisées sont ensuite exploitées par un algorithme de fouille de données permettant de générer des motifs temporels, c’est-à-dire des sous-séquences répétées (respectant un seuil de fréquence) dans les données. Un motif est associé à un support, c’est-à-dire l’ensemble des stations sur lesquelles le motif est observé. Le travail décrit ici concerne la caractérisation des hydro-écorégions françaises au moyen des motifs. Pour cela nous combinons deux méthodes, d’une part l’extraction de motifs, d’autre part leur classification, au moyen des k-moyennes. L’extraction de motifs permet de mettre au jour les comportements physico-chimiques du milieu durant une période de 6 mois à cinq ans avant la mesure d’un état biologique, estimé ici par l’indice invertébrés multi-métriques, I2M2. La classification est fondée sur l’indice de Jaccard, calculé sur les supports de motifs (les stations-périodes partagées). La méthode est appliquée à chaque hydro-écorégion qui est alors associée à 8 à 10 motifs caractéristiques. Dans une deuxième étape, nous cherchons à séparer les motifs qui correspondent à une hausse, une baisse de l’I2M2 ou à une période durant laquelle cet indice biologique reste constant. Des requêtes spécifiques sont appliquées sur la base de données pour sélectionner les stations et périodes recherchées. Les résultats obtenus sur l’HER Alsace seront décrits.