Le traité de Lisbonne a résorbé le déficit juridictionnel caractérisant le droit pénal de l’Union européenne avant 2009 en le soumettant pleinement depuis la fin de la période transitoire aux outils de contrôle de la Cour de Justice de l’Union. Cette dernière n’avait pourtant pas attendu la réforme pour contribuer à dessiner les contours du droit pénal de l’Union européenne, à garantir son effectivité ou vérifier sa légalité. Qu’elle le contrôle ou qu’elle l’interprète, il est de plus en plus confronté aux droits fondamentaux, garantis par la Charte européenne désormais contraignante, qui passent pourtant au second plan face aux impératifs de l’Espace de liberté, de sécurité et de justice.