Etude paléogénétique d’ossements de rongeurs de la grotte d’El Harhoura 2 - Archive ouverte HAL
Communication Dans Un Congrès Année : 2015

Etude paléogénétique d’ossements de rongeurs de la grotte d’El Harhoura 2

Résumé

Les rongeurs sont susceptibles d’être des biomarqueurs puisque leurs populations réagissent aux changements environnementaux, tels que des changements climatiques ou écologiques dus aux activités humaines. Afin de caractériser l’évolution des rongeurs préservés sur 120.000 ans dans la grotte d’El Harhoura 2 au Maroc, nous avons entamé une étude de leur diversité génétique. Les restes osseux et dentaires des rongeurs sont convenablement accessibles grâce aux agents cumulateurs que sont les rapaces diurnes et nocturnes qui se nourrissent majoritairement de rongeurs et regurgitent les restes indigestes de leurs proies sous formes de pelotes. Ce sont donc surtout ces restes de repas de rapaces qui sont préservés dans la stratigraphie des grottes préhistoriques. Afin d’évaluer la faisabilité d’une analyse paléogénétique des restes de rongeurs préservés dans la grotte d’El Harhoura 2, nous avons effectué une étude taphonomique sur des pelotes de chouettes vieilles de quelques semaines jusqu’à quelques dizaines d’années. Nous avons quantifié l’abondance et le degré de fragmentation de l’ADN endogène des rongeurs préservés dans les os et dents récupérés de ces pelotes. Nous avons observé que l’ADN est fortement dégradé dans les restes osseux et dentaires après leur passage dans le tube digestif des chouettes mais qu’il ne disparaît pas. Une analyse taphonomique, en particulier par microscopie électronique à balayage, a été effectuée en parallèle sur les mêmes spécimens afin de corréler le degré de la dégradation de l’ADN avec les différents agents taphonomiques identifiés ainsi que l’intensité de leur action. Nous avons mis en place une nouvelle approche méthodologique d’analyse paléogénétique puissante basée sur le multiplexage suivi du séquençage massivement parallèle afin de pouvoir analyser plusieurs loci génétiques à partir de petites quantités de spécimens osseux comme les dents et os des rongeurs. Les fragments sont sélectionnés pour typer à différents niveaux l’arbre phylogénétique des rongeurs et ainsi identifier les espèces, voire pour certains, comme les souris et les mériones, caractériser les populations majoritaires. L’approche développée permet aussi d’analyser les échantillons complexes contenant plusieurs espèces. L’application de cette méthode aux restes osseux et dentaires de rongeurs récupérés à partir de carottes dans les différentes couches stratigraphiques de la grotte d’El Harhoura 2 nous a permis d’obtenir des séquences d’ADN mitochondrial pour les couches 1 et 4 datées à environ 5.800 et 70.000 ans. Les séquences d’ADN ont été comparées avec celles obtenues dans le cadre du projet MOHMIE par Violaine Nicolas pour les mériones actuelles du Maroc. Les séquences anciennes étaient proches de celles des deux clades présents au Maroc à l’heure actuelle. Ceci montre la puissance de la méthode nouvellement établie. Finalement, les résultats suggèrent la continuité au cours des derniers 70.000 ans des mériones au Maroc.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-03025456 , version 1 (26-11-2020)

Identifiants

  • HAL Id : hal-03025456 , version 1

Citer

Silvia Guimaraes, Emmanuelle Stoetzel, Yolanda Fernandez-Jalvo, Thierry Grange, Geigl Eva-Maria. Etude paléogénétique d’ossements de rongeurs de la grotte d’El Harhoura 2. Approche Intégrative de la 6ème Extinction (Restitution du projet ANR MOHMIE), Apr 2014, Paris, France. p. 43-51. ⟨hal-03025456⟩
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