Les systèmes NoSQL permettent de gérer des bases de données (BD) massives vérifiant les 3V : Volume, Variété et Vélocité. La plupart de ces systèmes sont caractérisées par la propriété « schema less » qui signifie absence du modèle de données lors de la création d'une BD. Cette propriété apporte une souplesse indéniable en permettant l'évolution du modèle pendant l'exploitation de la base. Cependant, l'expression des requêtes d'interrogation (type SQL) exige une connaissance précise de ce modèle. Dans cet article, nous proposons un processus pour l'extraction automatique du modèle physique d'une BD NoSQL de type documents. Pour ce faire, nous utilisons l'architecture MDA (Model Driven Architecture) qui fournit un cadre formel pour la transformation automatique de modèles. À partir d'une BD NoSQL, nous proposons des règles de transformation formalisées avec QVT pour générer le modèle physique. Une expérimentation du processus d'extraction a été réalisée sur une application médicale.