Visualizing protein structures - tools and trends - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Biochemical Society Transactions Année : 2020

Visualizing protein structures - tools and trends

Visualisation des structures protéiques - outils et tendances

Résumé

Molecular visualisation is fundamental in the current scientific literature, textbooks and dissemination materials, forming an essential support for presenting results, reasoning on and formulating hypotheses related to molecular structure. Visual exploration has become easily accessible on a broad variety of platforms thanks to advanced software tools that render a great service to the scientific community. These tools are often developed across disciplines bridging computer science, biology and chemistry. Here we first describe a few Swiss Army knives geared towards protein visualisation for everyday use with an existing large user base, then focus on more specialised tools for peculiar needs that are not yet as broadly known. Our selection is by no means exhaustive, but reflects a diverse snapshot of scenarios that we consider informative for the reader. We end with an account of future trends and perspectives.
La visualisation moléculaire est fondamentale dans la littérature scientifique actuelle, les manuels et les documents de diffusion, formant un support essentiel pour présenter les résultats, raisonner et formuler des hypothèses liées à la structure moléculaire. L'exploration visuelle est devenue facilement accessible sur une grande variété de plateformes grâce à des outils logiciels avancés qui rendent un grand service à la communauté scientifique. Ces outils sont souvent développés dans toutes les disciplines reliant l'informatique, la biologie et la chimie. Ici, nous décrivons d'abord quelques couteaux de l'armée suisse axés sur la visualisation des protéines pour un usage quotidien avec une large base d'utilisateurs existante, puis nous nous concentrons sur des outils plus spécialisés pour des besoins particuliers qui ne sont pas encore aussi largement connus. Notre sélection n'est nullement exhaustive, mais reflète un aperçu diversifié de scénarios que nous considérons comme informatifs pour le lecteur. Nous terminons par un compte rendu des tendances et perspectives futures.
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Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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Dates et versions

hal-02946006 , version 1 (22-09-2020)

Identifiants

Citer

Xavier Martinez, Matthieu Chavent, Marc Baaden. Visualizing protein structures - tools and trends. Biochemical Society Transactions, 2020, 48 (2), pp.499-506. ⟨10.1042/BST20190621⟩. ⟨hal-02946006⟩
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