Dans le cadre de la Mission archéologique et épigraphique franco-albanaise d'Apollonia d'Illyrie, les Écoles françaises de Rome et d'Athènes ont développé de 2004 à 2006 un programme d'étude de l'urbanisme d'Apollonia dans le but de poursuivre l'enquête topographique menée au cours de l'élaboration de l'Atlas archéologique et historique d'Apollonia d'Illyrie. Les résultats obtenus dans ce dernier reposent sur un inventaire exhaustif des vestiges visibles sur le terrain. Les nouvelles recherches ont permis une exploration des vestiges enfouis grâce à des prospections géophysiques complétées par des sondages topographiques et stratigraphiques. Le programme a consisté en deux campagnes de prospections géophysiques, en avril 2004 et avril 2005, et une campagne de sondages, en août et septembre 2006. Il sera complété en avril 2007 par un séjour de traitement et d'étude du matériel archéologique mis au jour, et en août et septembre 2007 par une campagne de sondages complémentaires de vérification. Les prospections géophysiques, effectuées par la société Terra Nova, sous la responsabilité de Michel Dabas, ont associé la méthode électrique et la méthode magnétique.