International electronic health record-derived COVID-19 clinical course profiles: the 4CE consortium
Gabriel A. Brat
(1)
,
Griffin M. Weber
(1)
,
Nils Gehlenborg
(1)
,
Paul Avillach
(1)
,
Nathan P. Palmer
(1)
,
Luca Chiovato
(2)
,
James Cimino
(3)
,
Brett K. Beaulieu-Jones
(1)
,
Sehi L'Yi
(1)
,
Mark S. Keller
(1)
,
Douglas S. Bell
(4)
,
Robert W. Follett
(4)
,
Lav P. Patel
(5)
,
Anne Sophie Jannot
(6)
,
Lemuel R. Waitman
(5)
,
Gilbert Omenn
(7)
,
Alberto Malovini
(8)
,
Jason H. Moore
(9)
,
Valentina Tibollo
(8)
,
Shawn N Murphy
(10)
,
Riccardo Bellazzi
(11)
,
David A Hanauer
(12)
,
Arnaud Serret-Larmande
(13)
,
Alba Gutierrez-Sacristan
(1)
,
John J Holmes
(9)
,
Douglas Bell
(4)
,
Kenneth D. Mandl
(14)
,
Jeffrey G Klann
(10)
,
Douglas A Murad
(4)
,
Luigia Scudeller
(15)
,
Mauro Bucalo
(16)
,
Katie Kirchoff
(17)
,
Jean Craig
(17)
,
Jihad Obeid
(17)
,
Vianney Jouhet
(18, 19)
,
Romain Griffier
(20)
,
Sébastien Cossin
(21, 19)
,
Bertrand Moal
(22)
,
Antonio Bellasi
(23)
,
Hans U Prokosch
(24)
,
Detlef Kraska
(25)
,
Piotr Sliz
(14)
,
Amelia L.M. Tan
(1)
,
Kee Yuan Ngiam
(26)
,
Alberto Zambelli
(23)
,
Danielle L Mowery
(9)
,
Emily Schiver
(9)
,
Batsal Devkota
(27)
,
Robert Bradford
(28)
,
Mohamad Daniar
(14)
,
Christel Daniel
(29, 30)
,
Vincent Benoit
(29)
,
Romain Bey
(29)
,
Nicolas Paris
(29)
,
Patricia Serre
(29)
,
Nina Orlova
(29)
,
Julien Dubiel
(29)
,
Martin Hilka
(29)
,
Stephane Breant
(29)
,
Judith Leblanc
(31)
,
Nicolas Griffon
(32, 30)
,
Anita Burgun
(33, 34, 35)
,
Melodie Bernaux
(29)
,
Arnaud Sandrin
(29)
,
Elisa Salamanca
(29)
,
Sylvie Cormont
(29)
,
Thomas Ganslandt
(36)
,
Tobias Gradinger
(36)
,
Julien Champ
(37)
,
Martin Boeker
(38)
,
Patricia Martel
(29)
,
Loïc Estève
(39)
,
Alexandre Gramfort
(39)
,
Olivier Grisel
(39)
,
Damien Leprovost
(40)
,
Thomas Moreau
(39)
,
Gael Varoquaux
(39, 41, 42)
,
Jill-Jênn Vie
(43, 44)
,
Demian Wassermann
(39)
,
Arthur Mensch
(39)
,
Charlotte Caucheteux
(45)
,
Christian Haverkamp
(38)
,
Guillaume Lemaître
(39)
,
Silvano Bosari
(46)
,
Andrew South
(47)
,
Tianxi Cai
(48)
,
Isaac Kohane
(1)
1
HMS -
Harvard Medical School [Boston]
2 UNIPV - Università degli Studi di Pavia [Italia] = University of Pavia [Italy] = Université de Pavie [Italie]
3 UAB - University of Alabama at Birmingham [ Birmingham]
4 David Geffen School of Medicine [Los Angeles]
5 University of Kansas [Kansas City]
6 HEGP - Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP]
7 University of Michigan [Ann Arbor]
8 IRCCS Pavia - ICS Maugeri - Istituti Clinici Scientifici Maugeri [Pavia]
9 Perelman School of Medicine
10 Massachusetts General Hospital [Boston]
11 BMI - Laboratory for BioMedical Informatics
12 University of Michigan Medical School [Ann Arbor]
13 AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
14 Boston Children's Hospital
15 IRCCS Ospedale San Raffaele [Milan, Italy]
16 BIOMERIS [Pavia]
17 MUSC - Medical University of South Carolina [Charleston]
18 Unité d'épidémiologie, biostatistique et registre des cancers [Poitou-Charentes]
19 BPH - Bordeaux population health
20 CHU Bordeaux - Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux
21 UB - Université de Bordeaux
22 LBM - Laboratoire de biomécanique
23 Azienda Ospedaliera Ospedale Papa Giovanni XXIII [Bergamo, Italy]
24 FAU - Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg = University of Erlangen-Nuremberg
25 Universitätsklinikum Erlangen [Erlangen]
26 NUHS - National University Health System [Singapore]
27 CHOP - Children’s Hospital of Philadelphia
28 NC TraCS - North Carolina Translational and Clinical Sciences [Chapel Hill]
29 AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
30 LIMICS - Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé
31 2I - Infection et inflammation
32 LITIS - Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes
33 Service d'informatique médicale et biostatistiques [CHU Necker]
34 Service d'informatique médicale
35 CRC (UMR_S_1138 / U1138) - Centre de Recherche des Cordeliers
36 Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University
37 ZENITH - Scientific Data Management
38 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
39 PARIETAL - Modelling brain structure, function and variability based on high-field MRI data
40 clevy.io - Clevy.io - Agents conversationnels à destination des grandes entreprises et du secteur public [Paris]
41 MILA - Montreal Institute for Learning Algorithms [Montréal]
42 MNI - McConnell Brain Imaging Centre
43 Scool - Scool
44 CRIStAL - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189
45 X - École polytechnique
46 UNIMI - Università degli Studi di Milano = University of Milan
47 Jefferson (Philadelphia University + Thomas Jefferson University)
48 Harvard T.H. Chan School of Public Health
2 UNIPV - Università degli Studi di Pavia [Italia] = University of Pavia [Italy] = Université de Pavie [Italie]
3 UAB - University of Alabama at Birmingham [ Birmingham]
4 David Geffen School of Medicine [Los Angeles]
5 University of Kansas [Kansas City]
6 HEGP - Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP]
7 University of Michigan [Ann Arbor]
8 IRCCS Pavia - ICS Maugeri - Istituti Clinici Scientifici Maugeri [Pavia]
9 Perelman School of Medicine
10 Massachusetts General Hospital [Boston]
11 BMI - Laboratory for BioMedical Informatics
12 University of Michigan Medical School [Ann Arbor]
13 AP-HP - Hôpital Bichat - Claude Bernard [Paris]
14 Boston Children's Hospital
15 IRCCS Ospedale San Raffaele [Milan, Italy]
16 BIOMERIS [Pavia]
17 MUSC - Medical University of South Carolina [Charleston]
18 Unité d'épidémiologie, biostatistique et registre des cancers [Poitou-Charentes]
19 BPH - Bordeaux population health
20 CHU Bordeaux - Centre Hospitalier Universitaire de Bordeaux
21 UB - Université de Bordeaux
22 LBM - Laboratoire de biomécanique
23 Azienda Ospedaliera Ospedale Papa Giovanni XXIII [Bergamo, Italy]
24 FAU - Friedrich-Alexander Universität Erlangen-Nürnberg = University of Erlangen-Nuremberg
25 Universitätsklinikum Erlangen [Erlangen]
26 NUHS - National University Health System [Singapore]
27 CHOP - Children’s Hospital of Philadelphia
28 NC TraCS - North Carolina Translational and Clinical Sciences [Chapel Hill]
29 AP-HP - Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP)
30 LIMICS - Laboratoire d'Informatique Médicale et Ingénierie des Connaissances en e-Santé
31 2I - Infection et inflammation
32 LITIS - Laboratoire d'Informatique, de Traitement de l'Information et des Systèmes
33 Service d'informatique médicale et biostatistiques [CHU Necker]
34 Service d'informatique médicale
35 CRC (UMR_S_1138 / U1138) - Centre de Recherche des Cordeliers
36 Universität Heidelberg [Heidelberg] = Heidelberg University
37 ZENITH - Scientific Data Management
38 Albert-Ludwigs-Universität Freiburg = University of Freiburg
39 PARIETAL - Modelling brain structure, function and variability based on high-field MRI data
40 clevy.io - Clevy.io - Agents conversationnels à destination des grandes entreprises et du secteur public [Paris]
41 MILA - Montreal Institute for Learning Algorithms [Montréal]
42 MNI - McConnell Brain Imaging Centre
43 Scool - Scool
44 CRIStAL - Centre de Recherche en Informatique, Signal et Automatique de Lille - UMR 9189
45 X - École polytechnique
46 UNIMI - Università degli Studi di Milano = University of Milan
47 Jefferson (Philadelphia University + Thomas Jefferson University)
48 Harvard T.H. Chan School of Public Health
Nils Gehlenborg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802104
- ORCID : 0000-0003-0327-8297
Luca Chiovato
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802105
- ORCID : 0000-0001-7457-7353
James Cimino
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802106
- ORCID : 0000-0003-4101-1622
- IdRef : 106980068
Sehi L'Yi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802179
- ORCID : 0000-0001-7720-2848
Gilbert Omenn
- Fonction : Auteur
- PersonId : 794562
- ORCID : 0000-0002-8976-6074
- IdRef : 077657802
Alberto Malovini
- Fonction : Auteur
- PersonId : 793356
- ORCID : 0000-0003-2857-5773
Valentina Tibollo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802107
- ORCID : 0000-0003-2687-3822
Riccardo Bellazzi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763117
- ORCID : 0000-0002-6974-9808
- IdRef : 204354269
Arnaud Serret-Larmande
- Fonction : Auteur
- PersonId : 796934
- ORCID : 0000-0002-2642-2514
Katie Kirchoff
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802109
- ORCID : 0000-0002-9552-7176
Vianney Jouhet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765171
- ORCID : 0000-0001-5272-2265
- IdRef : 148712444
Sébastien Cossin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 177311
- IdHAL : sebastien-cossin
- ORCID : 0000-0002-3845-8127
- IdRef : 197817874
Bertrand Moal
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771428
- ORCID : 0000-0001-9197-721X
Antonio Bellasi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802110
- ORCID : 0000-0001-7830-1645
Piotr Sliz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 777645
- ORCID : 0000-0002-6522-0835
Kee Yuan Ngiam
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802111
- ORCID : 0000-0001-5676-2520
Robert Bradford
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802112
- ORCID : 0000-0003-0908-1428
Mohamad Daniar
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802113
- ORCID : 0000-0001-9031-0835
Nicolas Griffon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1216904
- IdHAL : nicolas-griffon
- ORCID : 0000-0002-9602-6429
Anita Burgun
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1005795
- ORCID : 0000-0001-6855-4366
- IdRef : 094355207
Julien Champ
- Fonction : Auteur
- PersonId : 738313
- IdHAL : julien-champ
- ORCID : 0000-0002-2042-0411
Loïc Estève
- Fonction : Auteur
- PersonId : 970846
Alexandre Gramfort
- Fonction : Auteur
- PersonId : 687
- IdHAL : agramfort
- ORCID : 0000-0001-9791-4404
- IdRef : 169233758
Olivier Grisel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 906351
Damien Leprovost
- Fonction : Auteur
- PersonId : 3452
- IdHAL : damien-leprovost
- IdRef : 17128500X
Gael Varoquaux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 5878
- IdHAL : gael-varoquaux
- ORCID : 0000-0003-1076-5122
- IdRef : 126239894
Demian Wassermann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1966
- IdHAL : demian-wassermann
- ORCID : 0000-0001-5194-6056
- IdRef : 150218338
Arthur Mensch
- Fonction : Auteur
- PersonId : 8426
- IdHAL : arthur-mensch
- ORCID : 0000-0001-7866-0461
- IdRef : 230697232
Charlotte Caucheteux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 748784
- IdHAL : charlotte-caucheteux
- ORCID : 0000-0002-3965-3143
Andrew South
- Fonction : Auteur
- PersonId : 802114
- ORCID : 0000-0002-3204-4142
Tianxi Cai
- Fonction : Auteur
- PersonId : 785101
- ORCID : 0000-0002-5379-2502
Isaac Kohane
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792802
- ORCID : 0000-0003-2192-5160
- IdRef : 070058687
Résumé
We leveraged the largely untapped resource of electronic health record data to address critical clinical and epidemiological questions about Coronavirus Disease 2019 (COVID-19). To do this, we formed an international consortium (4CE) of 96 hospitals across 5 countries (www.covidclinical.net). Contributors utilized the Informatics for Integrating Biology and the Bedside (i2b2) or Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) platforms to map to a common data model. The group focused on comorbidities and temporal changes in key laboratory test values. Harmonized data were analyzed locally and converted to a shared aggregate form for rapid analysis and visualization of regional differences and global commonalities. Data covered 27,584 COVID-19 cases with 187,802 laboratory tests. Case counts and laboratory trajectories were concordant with existing literature. Laboratory tests at the time of diagnosis showed hospital-level differences equivalent to country-level variation across the consortium partners. Despite the limitations of decentralized data generation, we established a framework to capture the trajectory of COVID-19 disease in patients and their response to interventions.
| Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
|---|
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