Analyse différentielle de données Hi-C via la Classification Ascendante Hiérarchique sous Contrainte de Contiguïté - Archive ouverte HAL Access content directly
Conference Papers Year : 2020

Analyse différentielle de données Hi-C via la Classification Ascendante Hiérarchique sous Contrainte de Contiguïté

Abstract

The spatial proximity between pairs of genomic positions can be measured by Hi-C experiments, which give insights into the 3D organization of DNA. This organization plays an important role in the regulation of gene expression. The aim of Hi-C differential analysis is to find significant differences in the 3D structure of the genome between two biological conditions from replicates of Hi-C experiments in each condition. Here, we present a new differential analysis method based on Hierarchical Agglomerative Clustering with Contiguity Constraint (CCHAC). CCHAC is used to represent the hierarchical structure of genomic positions in the form of a binary tree. The problem of Hi-C differential analysis is then translated into a tree comparison problem and handled using tree distances.
Les données Hi-C mesurent la proximité spatiale entre paires de positions génomiques et donnent des informations sur l'organisation 3D de l'ADN qui, elle-même, a un rôle important dans la régulation de l'expression des gènes. Le but de l'analyse différentielle de données Hi-C est de trouver des différences significatives entre la structure 3D du génome de deux conditions biologiques différentesà partir de plusieurs réplicats d'expériences Hi-C dans chaque condition. Ici, nous proposons une nouvelle méthode d'analyse différentielle basée sur la Classification Ascendante Hiérarchique avec Contrainte de Contiguïté (CAHCC). Celle-ci est utilisée pour représenter la structure hiérarchique des positions génomiques sous la forme d'un arbre binaire et le problème de l'analyse différentielle Hi-C est alors transformé en un problème de comparaison d'arbres, résolu en utilisant des distances entre arbres. Mots-clés. Classification ascendante hiérarchique, classification ascendante hiérarchique sous contrainte, dendrogramme, données Hi-C, analyse différentielle, distances entre arbres. .
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Dates and versions

hal-02892664 , version 1 (25-08-2020)

Identifiers

  • HAL Id : hal-02892664 , version 1

Cite

Nathanaël Randriamihamison, Marie Chavent, Sylvain Foissac, Nathalie Vialaneix, Pierre Neuvial. Analyse différentielle de données Hi-C via la Classification Ascendante Hiérarchique sous Contrainte de Contiguïté. 52èmes Journées de Statistiques de la SFdS, Société Française de Statistique, May 2020, Nice, France. pp.655-660. ⟨hal-02892664⟩
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