Roadmap for naming uncultivated Archaea and Bacteria
Alison Murray
(1)
,
John Freudenstein
(2)
,
Simonetta Gribaldo
(3)
,
Roland Hatzenpichler
(4)
,
Philip Hugenholtz
(5)
,
Peter Kämpfer
(6)
,
Konstantinos Konstantinidis
,
Christopher Lane
,
R. Thane Papke
,
Donovan Parks
,
Ramon Rossello-Mora
,
Matthew Stott
,
Iain Sutcliffe
,
J. Cameron Thrash
,
Stephanus Venter
(7)
,
William Whitman
,
Silvia G. Acinas
(8)
,
Rudolf Amann
(9)
,
Karthik Anantharaman
,
J. Armengaud
(10)
,
Brett Baker
(11)
,
Roman Barco
,
Helge Bode
(12)
,
Eric Boyd
,
Carrie Brady
,
Paul Carini
(13)
,
Patrick Chain
,
Daniel Colman
,
Kristen Deangelis
,
Maria Asuncion de Los Rios
,
Paulina Estrada-de Los Santos
(14)
,
Christopher Dunlap
,
Jonathan Eisen
,
David A Emerson
(15)
,
Thijs Ettema
(16)
,
Damien Eveillard
(17, 18)
,
Peter Girguis
,
Ute Hentschel
,
James Hollibaugh
,
Laura Hug
,
William P Inskeep
(4)
,
Elena A. Ivanova
(19)
,
Hans-Peter Klenk
(20)
,
Wen-Jun Li
(21)
,
Karen Lloyd
,
Frank Löffler
(22)
,
Thulani Makhalanyane
,
Duane Moser
,
Takuro Nunoura
(23)
,
Marike Palmer
,
Victor Parro
,
Carlos Pedrós-Alió
,
Alexander J Probst
(24)
,
Theo Smits
,
Andrew Steen
,
Emma Steenkamp
,
Anja Spang
,
Frank Stewart
,
James Tiedje
(25)
,
Peter Vandamme
(26)
,
Michael Wagner
(27)
,
Feng-Ping Wang
,
Pablo Yarza
,
Brian Hedlund
(28)
,
Anna-Louise Reysenbach
(29)
1
DRI -
Desert Research Institute
2 Ecology and Organismal Biology
3 Biologie Evolutive de la Cellule Microbienne - Evolutionary Biology of the Microbial Cell
4 MSU - Montana State University
5 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
6 JLU - Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University
7 Botanical and Environmental Consultant
8 ICM - Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona]
9 LEP - Laboratoire Environnement Profond
10 LBSP - Laboratoire de Biochimie des Systèmes Perturbés
11 University of Texas at Austin [Austin]
12 BMLS - Buchmann Institute for Molecular Life Sciences [Frankfurt am Main]
13 ISAO - Istituto delle Scienze dell' Atmosfera e dell'Oceano [Bologna]
14 UNAM - Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico
15 Bigelow Laboratory for Ocean Sciences
16 Uppsala University
17 LS2N - Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes
18 LS2N - équipe COMBI - Combinatoire et Bioinformatique
19 Department of Theoretical Mechanics
20 DSMZ - Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH / Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures
21 SYSU - Sun Yat-sen University [Guangzhou]
22 PTB - Physikalisch-Technische Bundesanstalt [Braunschweig]
23 JAMSTEC - Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
24 EPS - Department of Earth and Planetary Science [UC Berkeley]
25 The Center for Microbial Ecology, Department of Microbiology and Molecular Genetics
26 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
27 Research and Development - SANOFI
28 WGU Nevada - University of Nevada [Las Vegas]
29 PSU - Portland State University [Portland]
2 Ecology and Organismal Biology
3 Biologie Evolutive de la Cellule Microbienne - Evolutionary Biology of the Microbial Cell
4 MSU - Montana State University
5 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
6 JLU - Justus-Liebig-Universität Gießen = Justus Liebig University
7 Botanical and Environmental Consultant
8 ICM - Institute of Marine Sciences / Institut de Ciències del Mar [Barcelona]
9 LEP - Laboratoire Environnement Profond
10 LBSP - Laboratoire de Biochimie des Systèmes Perturbés
11 University of Texas at Austin [Austin]
12 BMLS - Buchmann Institute for Molecular Life Sciences [Frankfurt am Main]
13 ISAO - Istituto delle Scienze dell' Atmosfera e dell'Oceano [Bologna]
14 UNAM - Universidad Nacional Autónoma de México = National Autonomous University of Mexico
15 Bigelow Laboratory for Ocean Sciences
16 Uppsala University
17 LS2N - Laboratoire des Sciences du Numérique de Nantes
18 LS2N - équipe COMBI - Combinatoire et Bioinformatique
19 Department of Theoretical Mechanics
20 DSMZ - Leibniz-Institut DSMZ-Deutsche Sammlung von Mikroorganismen und Zellkulturen GmbH / Leibniz Institute DSMZ-German Collection of Microorganisms and Cell Cultures
21 SYSU - Sun Yat-sen University [Guangzhou]
22 PTB - Physikalisch-Technische Bundesanstalt [Braunschweig]
23 JAMSTEC - Japan Agency for Marine-Earth Science and Technology
24 EPS - Department of Earth and Planetary Science [UC Berkeley]
25 The Center for Microbial Ecology, Department of Microbiology and Molecular Genetics
26 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University = Université de Gand
27 Research and Development - SANOFI
28 WGU Nevada - University of Nevada [Las Vegas]
29 PSU - Portland State University [Portland]
Alison Murray
- Fonction : Auteur
- PersonId : 775120
- ORCID : 0000-0001-5790-7584
Simonetta Gribaldo
- Fonction : Auteur
- PersonId : 183757
- IdHAL : simonetta-gribaldo
- ORCID : 0000-0002-7662-021X
- IdRef : 119440989
Peter Kämpfer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 846341
Konstantinos Konstantinidis
- Fonction : Auteur
Christopher Lane
- Fonction : Auteur
R. Thane Papke
- Fonction : Auteur
Donovan Parks
- Fonction : Auteur
Ramon Rossello-Mora
- Fonction : Auteur
Matthew Stott
- Fonction : Auteur
Iain Sutcliffe
- Fonction : Auteur
J. Cameron Thrash
- Fonction : Auteur
William Whitman
- Fonction : Auteur
Rudolf Amann
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758079
- ORCID : 0000-0002-0846-7372
Karthik Anantharaman
- Fonction : Auteur
J. Armengaud
- Fonction : Auteur
- PersonId : 740098
- IdHAL : jean-armengaud
- ORCID : 0000-0003-1589-445X
- IdRef : 133877280
Roman Barco
- Fonction : Auteur
Helge Bode
- Fonction : Auteur
- PersonId : 796889
- ORCID : 0000-0001-6048-5909
Eric Boyd
- Fonction : Auteur
Carrie Brady
- Fonction : Auteur
Patrick Chain
- Fonction : Auteur
Daniel Colman
- Fonction : Auteur
Kristen Deangelis
- Fonction : Auteur
Maria Asuncion de Los Rios
- Fonction : Auteur
Christopher Dunlap
- Fonction : Auteur
Jonathan Eisen
- Fonction : Auteur
Damien Eveillard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 95
- IdHAL : damien-eveillard
- ORCID : 0000-0002-8162-7360
- IdRef : 080211542
Peter Girguis
- Fonction : Auteur
Ute Hentschel
- Fonction : Auteur
James Hollibaugh
- Fonction : Auteur
Laura Hug
- Fonction : Auteur
Karen Lloyd
- Fonction : Auteur
Thulani Makhalanyane
- Fonction : Auteur
Duane Moser
- Fonction : Auteur
Takuro Nunoura
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764571
- ORCID : 0000-0003-2323-0880
Marike Palmer
- Fonction : Auteur
Victor Parro
- Fonction : Auteur
Carlos Pedrós-Alió
- Fonction : Auteur
Theo Smits
- Fonction : Auteur
Andrew Steen
- Fonction : Auteur
Emma Steenkamp
- Fonction : Auteur
Anja Spang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765178
- ORCID : 0000-0002-6518-8556
Frank Stewart
- Fonction : Auteur
Feng-Ping Wang
- Fonction : Auteur
Pablo Yarza
- Fonction : Auteur
Résumé
The assembly of single-amplified genomes (SAGs) and metagenome-assembled genomes (MAGs) has led to a surge in genome-based discoveries of members affiliated with Archaea and Bacteria, bringing with it a need to develop guidelines for nomenclature of uncultivated microorganisms. The International Code of Nomenclature of Prokaryotes (ICNP) only recognizes cultures as ‘type material’, thereby preventing the naming of uncultivated organisms. In this Consensus Statement, we propose two potential paths to solve this nomenclatural conundrum. One option is the adoption of previously proposed modifications to the ICNP to recognize DNA sequences as acceptable type material; the other option creates a nomenclatural code for uncultivated Archaea and Bacteria that could eventually be merged with the ICNP in the future. Regardless of the path taken, we believe that action is needed now within the scientific community to develop consistent rules for nomenclature of uncultivated taxa in order to provide clarity and stability, and to effectively communicate microbial diversity.
| Origine | Publication financée par une institution |
|---|---|
| Licence |
