Re-train or train from scratch ? Pre-training strategies for BERT in the medical domain
Ré-entraîner ou entraîner soi-même ? Stratégies de pré-entraînement de BERT en domaine médical
Abstract
BERT models used in specialized domains all seem to be the result of a simple strategy : initializing with the original BERT then resuming pre-training on a specialized corpus. This method yields rather good performance (e.g. BioBERT (Lee et al., 2020), SciBERT (Beltagy et al., 2019), BlueBERT(Peng et al., 2019)). However, it seems reasonable to think that training directly on a specialized corpus, using a specialized vocabulary, could result in more tailored embeddings and thus help performance. To test this hypothesis, we train BERT models from scratch using many configurationsinvolving general and medical corpora. Based on evaluations using four different tasks, we find that the initial corpus only has a weak influence on the performance of BERT models when these are further pre-trained on a medical corpus.
Les modèles BERT employés en domaine spécialisé semblent tous découler d’une stratégie assez simple : utiliser le modèle BERT originel comme initialisation puis poursuivre l’entraînement de celuici sur un corpus spécialisé. Il est clair que cette approche aboutit à des modèles plutôt performants (e.g. BioBERT (Lee et al., 2020), SciBERT (Beltagy et al., 2019), BlueBERT (Peng et al., 2019)). Cependant, il paraît raisonnable de penser qu’entraîner un modèle directement sur un corpus spécialisé, en employant un vocabulaire spécialisé, puisse aboutir à des plongements mieux adaptés au domaine et donc faire progresser les performances. Afin de tester cette hypothèse, nous entraînons des modèles BERT à partir de zéro en testant différentes configurations mêlant corpus généraux et corpus médicaux et biomédicaux. Sur la base d’évaluations menées sur quatre tâches différentes, nous constatons que le corpus de départ influence peu la performance d’un modèle BERT lorsque celui-ci est ré-entraîné sur un corpus médical.
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