RESUME Les systèmes d'aide à la décision cliniques combinent des connaissances et des données provenant de sources diverses, représentées à l'aide de modèles quantitatifs fondés sur des méthodes stochastiques, ou qualitatifs reposant plutôt sur les heuristiques d'experts et le raisonnement déductif. Parallèlement, le raisonnement à partir de cas (RàPC) mémorise et restitue l'expérience de résolution de problèmes similaires. La coopération de bases de connaissances cliniques hétérogènes (objets connaissances, distances sémantiques, fonctions d'évaluation, règles logiques, bases de données...) repose sur les ontologies médicales. Un système multi-agents d'aide à la décision (SMAAD) permet l'intégration et la coopération des agents spécialisés dans différents domaines de connaissances (sémiologie, pharmacologie, cas cliniques, etc.). Chaque agent spécialisé exploite une base de connaissances définissant les conduites à tenir conformes à l'état de l'art associé à une base ontologique qui exprime les relations sémantiques entre les termes du domaine considéré. Notre approche repose sur la spécialisation d'agents adaptés aux modèles de connaissances utilisés lors des étapes de la démarche clinique et les ontologies. Cette approche modulaire est adaptée à la réalisation de SMAAD dans de nombreux domaines.