Le propre d'une approche transdisciplinaire, en recherche comme en enseignement, consiste à faire des liens. Cette injonction, l'expérience de la Licence Sciences et Humanités de l'université d'Aix-Marseille a montré qu'elle était parfois problématique, et l'on pourrait résumer son enjeu par la double contrainte suivante : si l'exercice consiste à faire des liens originaux et audacieux entre disciplines, il s'agit aussi de faire des liens qui soient pertinents. Comment peut-on évaluer la pertinence de certains liens, et comment exclure ou limiter les liens non pertinents, arbitraires, superficiels ? Ce problème implique la nécessité d'une enquête méthodologique portant sur l'analogie. Nous traduisons en effet techniquement "lien" par le concept de théorie de la connaissance « analogie », dont nous analyserons deux formes historiques dans l'histoire des sciences. Par analogie, nous n'entendons pas ici la similarité, ou l'égalité de rapport qui définit l'acception mathématique du concept, mais l'opération cognitive qui met en relation des phénomènes en vertu d'une ressemblance quelconque, dans le but d’éclairer le phénomène le moins connu depuis les savoirs possédés concernant le mieux connu.