Clonally Expanded T Cells Reveal Immunogenicity of Rhabdoid Tumors
Amaury Leruste
(1)
,
Jimena Tosello
,
Rodrigo Nalio Ramos
,
Arnault Tauziède-Espariat
(2)
,
Solène Brohard
,
Zhi-Yan Han
,
Kévin Beccaria
(3)
,
Mamy Andrianteranagna
(4, 5)
,
Pamela Caudana
,
Jovan Nikolic
(6)
,
Céline Chauvin
(7)
,
Leticia Laura Niborski
,
Valeria Manriquez
,
Wilfrid Richer
(1)
,
Julien Masliah-Planchon
(8)
,
Sandrine Grossetete-Lalami
(1)
,
Mylène Bohec
(6)
,
Sonia Lameiras
(9)
,
Sylvain Baulande
(9)
,
Celio Pouponnot
(10)
,
Aurore Coulomb
(11)
,
Louise Galmiche
(12)
,
Didier Surdez
(1)
,
Nicolas Servant
(9)
,
Julie Helft
(13)
,
Christine Sedlik
(14)
,
Stéphanie Puget
(15)
,
Philippe Benaroch
(16)
,
Olivier Delattre
(1)
,
Joshua Waterfall
,
Eliane Piaggio
(9)
,
Franck Bourdeaut
(17, 1)
1
U830 -
Unité de génétique et biologie des cancers
2 Centre Hospitalier Sainte Anne [Paris]
3 UPD5 Médecine - Université Paris Descartes - Faculté de Médecine
4 Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
5 CBIO - Centre de Bioinformatique
6 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
7 UMR_S 845 - Centre de recherche Croissance et signalisation
8 Inserm U745 - Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux
9 Institut Curie [Paris]
10 Signalisation normale et pathologique de l'embryon aux thérapies innovantes des cancers
11 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
12 Pathology Department [Paris]
13 Department of Gene and Cell Medicine [New York]
14 U932 - Immunité et cancer
15 PRES Sorbonne Paris Cité
16 Immunité et cancer
17 Unité de Génétique Somatique
2 Centre Hospitalier Sainte Anne [Paris]
3 UPD5 Médecine - Université Paris Descartes - Faculté de Médecine
4 Cancer et génome: Bioinformatique, biostatistiques et épidémiologie d'un système complexe
5 CBIO - Centre de Bioinformatique
6 PSL - Université Paris Sciences et Lettres
7 UMR_S 845 - Centre de recherche Croissance et signalisation
8 Inserm U745 - Genetique et Biotherapies des Maladies Degeneratives et Proliferatives du Systeme Nerveux
9 Institut Curie [Paris]
10 Signalisation normale et pathologique de l'embryon aux thérapies innovantes des cancers
11 CHU Pitié-Salpêtrière [AP-HP]
12 Pathology Department [Paris]
13 Department of Gene and Cell Medicine [New York]
14 U932 - Immunité et cancer
15 PRES Sorbonne Paris Cité
16 Immunité et cancer
17 Unité de Génétique Somatique
Jimena Tosello
- Fonction : Auteur
Rodrigo Nalio Ramos
- Fonction : Auteur
Zhi-Yan Han
- Fonction : Auteur
Pamela Caudana
- Fonction : Auteur
Leticia Laura Niborski
- Fonction : Auteur
Valeria Manriquez
- Fonction : Auteur
Julien Masliah-Planchon
- Fonction : Auteur
- PersonId : 943687
- ORCID : 0000-0002-5596-3926
Sylvain Baulande
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764519
- ORCID : 0000-0003-3104-1684
- IdRef : 069811245
Celio Pouponnot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 741154
- IdHAL : celio-pouponnot
- ORCID : 0000-0002-9795-0496
- IdRef : 137722761
Didier Surdez
- Fonction : Auteur
- PersonId : 786620
- ORCID : 0000-0002-7118-7859
- IdRef : 238471330
Nicolas Servant
- Fonction : Auteur
- PersonId : 918596
- ORCID : 0000-0003-1678-7410
Olivier Delattre
- Fonction : Auteur
- PersonId : 812657
- ORCID : 0000-0002-8730-2276
- IdRef : 07462766X
Joshua Waterfall
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797639
- ORCID : 0000-0002-3762-5050
- IdRef : 227577132
Résumé
Rhabdoid tumors (RTs) are genomically simple pediatric cancers driven by the biallelic inactivation of SMARCB1, leading to SWI/SNF chromatin remodeler complex deficiency. Comprehensive evaluation of the immune infiltrates of human and mice RTs, including immunohistochemistry, bulk RNA sequencing and DNA methylation profiling studies showed a high rate of tumors infiltrated by T and myeloid cells. Single-cell RNA (scRNA) and T cell receptor sequencing highlighted the heterogeneity of these cells and revealed therapeutically targetable exhausted effector and clonally expanded tissue resident memory CD8+ T subpopulations, likely representing tumor-specific cells. Checkpoint blockade therapy in an experimental RT model induced the regression of established tumors and durable immune responses. Finally, we show that one mechanism mediating RTs immunogenicity involves SMARCB1-dependent re-expression of endogenous retroviruses and interferon-signaling activation.