Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America Année : 2019

Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe

Laurent Frantz , James Haile , Audrey Lin , Amelie Scheu , Christina Geörg , Norbert Benecke (1) , Michelle Alexander , Anna Linderholm (2) , Victoria Mullin , Kevin P Daly (3) , Vincent Battista , Max Price , Kurt Gron , Panoraia Alexandri , Rose-Marie Arbogast (4) , Benjamin Arbuckle (5) , Adrian Bӑlӑşescu , Ross Barnett (6) , László Bartosiewicz (7) , Gennady Baryshnikov , Clive Bonsall , Dušan Borić (8) , Adina Boroneanţ (9) , Jelena Bulatović , Canan Çakirlar , José-Miguel Carretero , John Chapman , Mike Church , Richard Crooijmans (10) , Bea de Cupere , Cleia Detry (11) , Vesna Dimitrijevic , Valentin Dumitraşcu , Louis Du Plessis , Ceiridwen Edwards , Cevdet Merih Erek , Asli Erim-Özdoğan , Anton Ervynck , Domenico Fulgione (12) , Mihai Gligor , Anders Gotherstrom (7) , Lionel Gourichon (13) , Martien A.M. Groenen (14) , Daniel Helmer (15) , Hitomi Hongo , Liora Horwitz , Evan Irving-Pease , Ophélie Lebrasseur (16) , Joséphine Lesur (17) , Caroline Malone , Ninna Manaseryan , Arkadiusz Marciniak , Holley Martlew , Marjan Mashkour (17) , Roger Matthews , Giedre Motuzaite Matuzeviciute , Sepideh Maziar (18) , Erik Meijaard , Tom Mcgovern , Hendrik-Jan Megens , Rebecca M Miller (19) , Azadeh Fatemeh Mohaseb , Jörg Orschiedt , David Orton (20) , Anastasia Papathanasiou , Mike Parker Pearson , Ron Pinhasi (21) , Darko Radmanović , François-Xavier Ricaut (22) , Mike Richards (23) , Richard Sabin , Lucia Sarti , Wolfram Schier , Shiva Sheikhi , Elisabeth Stephan , John Stewart (24) , Simon Stoddart (25) , Antonio Tagliacozzo (26) , Nenad Tasić , Katerina Trantalidou , Anne Tresset (17) , Cristina Valdiosera , Youri van den Hurk (27) , Sophie van Poucke , Jean-Denis Vigne (17) , Alexander Yanevich , Andrea Zeeb-Lanz , Alexandros Triantafyllidis , M. Thomas P. Gilbert (28) , Jörg Schibler (29) , Peter Rowley-Conwy , Melinda Zeder , Joris Peters (30) , Thomas Cucchi (17) , Daniel Bradley , Keith Dobney (31) , Joachim Burger , Allowen Evin (32) , Linus Girdland-Flink , Greger Larson (16)
1 Department of Natural Sciences
2 Texas A&M University [College Station]
3 Transplant Research Program [Boston, MA, USA]
4 ARCHIMEDE - Archéologie et histoire ancienne : Méditerranée - Europe
5 Department of Anthropology, Baylor University
6 University of York [York, UK]
7 Stockholm University
8 Cardiff School of History, Ancient History, Archaeology and Religion
9 Romanian Academy of Sciences
10 Animal Breeding and Genomics Centre
11 UNIARQ
12 Department of Structural and Functional Biology
13 GReNES - Gestion des ressources naturelles , environnements et sociétés
14 Animal Breeding and Genomics Centre
15 Archéorient - ARCHEORIENT - Environnements et sociétés de l'Orient ancien
16 University of Oxford
17 AASPE - Archéozoologie, archéobotanique : sociétés, pratiques et environnements
18 Goethe-Universität Frankfurt am Main
19 University of Liverpool
20 HEC Paris - Recherche - Hors Laboratoire
21 School of Archaeology
22 AMIS - Anthropologie Moléculaire et Imagerie de Synthèse
23 Department of Human Evolution [Leipzig]
24 COSTECH - Connaissance Organisation et Systèmes TECHniques
25 Department of Archaeology
26 Laboratorio di Paleontologia e Archeozoologia, Soprintendenza Speciale al Museo Nazionale Preistorico ed Etnografico "L. Pigorini", Roma
27 UCL - UCL - Institute of Archaeology
28 UCPH - University of Copenhagen = Københavns Universitet
29 Unibas - Université de Bâle = University of Basel = Basel Universität
30 Institut für Paläoanatomie und Geschichte der Tiermedizin
31 Department of Archaeology, University of Aberdeen
32 UMR ISEM - Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier
Laurent Frantz
James Haile
Audrey Lin
Amelie Scheu
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Christina Geörg
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Michelle Alexander
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Victoria Mullin
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Vincent Battista
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Max Price
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Kurt Gron
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Panoraia Alexandri
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Adrian Bӑlӑşescu
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Gennady Baryshnikov
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Clive Bonsall
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Jelena Bulatović
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Canan Çakirlar
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José-Miguel Carretero
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John Chapman
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Mike Church
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Bea de Cupere
Cleia Detry
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Vesna Dimitrijevic
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Valentin Dumitraşcu
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Louis Du Plessis
Ceiridwen Edwards
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Cevdet Merih Erek
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Asli Erim-Özdoğan
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Anton Ervynck
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Mihai Gligor
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Hitomi Hongo
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Liora Horwitz
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Evan Irving-Pease
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Ophélie Lebrasseur
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Ninna Manaseryan
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Arkadiusz Marciniak
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Cristina Valdiosera
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Peter Rowley-Conwy
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Melinda Zeder
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Daniel Bradley
Joachim Burger
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Linus Girdland-Flink
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Greger Larson

Résumé

Archaeological evidence indicates that pig domestication had begun by ∼10,500 y before the present (BP) in the Near East, and mitochondrial DNA (mtDNA) suggests that pigs arrived in Europe alongside farmers ∼8,500 y BP. A few thousand years after the introduction of Near Eastern pigs into Europe, however, their characteristic mtDNA signature disappeared and was replaced by haplotypes associated with European wild boars. This turnover could be accounted for by substantial gene flow from local Euro-pean wild boars, although it is also possible that European wild boars were domesticated independently without any genetic contribution from the Near East. To test these hypotheses, we obtained mtDNA sequences from 2,099 modern and ancient pig samples and 63 nuclear ancient genomes from Near Eastern and European pigs. Our analyses revealed that European domestic pigs dating from 7,100 to 6,000 y BP possessed both Near Eastern and European nuclear ancestry, while later pigs possessed no more than 4% Near Eastern ancestry, indicating that gene flow from European wild boars resulted in a near-complete disappearance of Near East ancestry. In addition, we demonstrate that a variant at a locus encoding black coat color likely originated in the Near East and persisted in European pigs. Altogether, our results indicate that while pigs were not independently domesticated in Europe, the vast majority of human-mediated selection over the past 5,000 y focused on the genomic fraction derived from the European wild boars, and not on the fraction that was selected by early Neolithic farmers over the first 2,500 y of the domestication process. domestication | evolution | gene flow | Neolithic
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Laurent Frantz, James Haile, Audrey Lin, Amelie Scheu, Christina Geörg, et al.. Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, 2019, 116 (35), pp.17231-17238. ⟨10.1073/pnas.1901169116⟩. ⟨hal-02322137⟩
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