Diagnostic Yield of Next-Generation Sequencing in Very Early-Onset Inflammatory Bowel Diseases: A Multicenter Study
Fabienne Charbit-Henrion
(1, 2, 3)
,
Marianna Parlato
(1, 3)
,
Sylvain Hanein
(4)
,
Rémi Duclaux-Loras
(3, 1)
,
Jan Nowak
(3, 1, 5)
,
Bernadette Begue
(3, 1)
,
Sabine Rakotobe
(3, 1)
,
Julie Bruneau
(2, 1)
,
Cécile Fourrage
(6, 1)
,
Olivier Alibeu
(4, 1)
,
Frédéric Rieux-Laucat
(1, 7)
,
Eva Lévy
(1, 7)
,
Marie-Claude Stolzenberg
(7, 1)
,
Fabienne Mazerolles
(7, 1)
,
Sylvain Latour
(8, 1)
,
Christelle Lenoir
(1, 8)
,
Alain Fischer
(2, 9, 1, 4)
,
Capucine Picard
(10, 2, 8)
,
Marina Aloi
(11)
,
Jorge Amil Dias
(12)
,
Mongi Ben Hariz
(13)
,
Anne Bourrier
(14)
,
Christian Breuer
(15)
,
Anne Breton
(16)
,
Stephan Buderus
(17)
,
Mara Cananzi
(18)
,
Stéphanie Coopman
(19)
,
Clara Crémilleux
(20)
,
Alain Dabadie
(21)
,
Clémentine Dumant-Forest
(22)
,
Odul Egritas Gurkan
(23)
,
Alexandre Fabre
(24)
,
Aude Fischer
(25)
,
Marta German Diaz
(26)
,
Yago Gonzalez-Lama
(27)
,
Olivier Goulet
(10, 2)
,
Olivier Goulet
(10, 2)
,
Graziella Guariso
(28)
,
Neslihan Gurcan
(23)
,
Matjaz Homan
(29)
,
Jean-Pierre Hugot
(30, 31)
,
Eric Jeziorski
(32, 33)
,
Evi Karanika
(34)
,
Alain Lachaux
(35, 36)
,
Peter Lewindon
(37)
,
Rosa Lima
(12)
,
Fernando Magro
(38, 12)
,
Janos Major
(39)
,
Georgia Malamut
(40, 3)
,
Emmanuel Mas
(41, 42)
,
Istvan Mattyus
(43)
,
Luisa M. Mearin
(44)
,
Jan Melek
(45)
,
Victor Manuel Navas-Lopez
(46)
,
Anders Paerregaard
(47)
,
Cecile Pelatan
(48)
,
Bénédicte Pigneur
(2, 3)
,
Isabel Pinto Pais
,
Julie Rebeuh
(49)
,
Claudio Romano
(50)
,
Nadia Siala
(13)
,
Caterina Strisciuglio
(51)
,
Michela Tempia-Caliera
,
Patrick Tounian
(52)
,
Dan Turner
,
Vaidotas Urbonas
(53)
,
Stéphanie Willot
(54)
,
Frank Ruemmele
(2, 3)
,
Nadine N. Cerf-Bensussan
(3)
1
Université Paris Descartes, Sorbonne Paris Cité
2 Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP]
3 Equipe Inserm U1163 - Laboratory of Intestinal Immunity
4 IMAGINE - U1163 - Imagine - Institut des maladies génétiques
5 PUMS - Poznan University of Medical Sciences [Poland]
6 Equipe Inserm U1163 - The Clinical Bioinformatics laboratory
7 Equipe Inserm U1163 - Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases
8 Equpie Inserm U1163 - Lymphocyte activation and susceptibility to EBV
9 CdF (institution) - Collège de France
10 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
11 UNIROMA - Università degli Studi di Roma "La Sapienza" = Sapienza University [Rome]
12 Hospital de São João [Porto]
13 Centre Hospitalier Universitaire Mongi Slim [La Marsa]
14 CHU Saint-Antoine [AP-HP]
15 UKE - Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg]
16 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
17 University Hospital Motol [Prague]
18 University Hospital Bonn
19 CHRU Lille - Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
20 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
21 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
22 Service de pédiatrie médicale et médecine de l'adolescent [Rouen]
23 Gazi University
24 APHM - Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille
25 CHU Saint-Pierre
26 Hospital Universitario 12 de Octubre [Madrid]
27 Hospital Universitario Puerta de Hierro-Majadahonda [Madrid, Spain]
28 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
29 UMCL - University Medical Centre Ljubljana [Ljubljana, Slovenia]
30 Inflammation intestinale pathologique de l'enfant
31 AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
32 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
33 PCCEI - Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections
34 General Hospital of Thessaloniki "Ippokrateio"
35 CarMeN - Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition
36 HFME - Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL]
37 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
38 Universidade do Porto = University of Porto
39 Pál Heim Children's Hospital = Heim Pál Gyermekkórház [Budapest]
40 HEGP - Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP]
41 Service de Gastroentérologie et pancréatologie [CHU Toulouse]
42 Service Gastroentérologie, hépatologie nutrition, diabétologie et maladies héréditaires du métabolisme pédiatrique [CHU Toulouse]
43 Semmelweis University [Budapest]
44 Universiteit Leiden = Leiden University
45 University of Hradec Králové
46 Hospital Regional Universitario de Málaga = Regional University Hospital of Malaga [Spain]
47 Copenhagen University Hospital
48 Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans)
49 CHU Strasbourg - Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg]
50 University of Messina
51 Seconda Università degli Studi di Napoli = Second University of Naples
52 CHU Trousseau [APHP]
53 Vilnius University [Vilnius]
54 CHU Trousseau [Tours]
2 Hôpital Necker - Enfants Malades [AP-HP]
3 Equipe Inserm U1163 - Laboratory of Intestinal Immunity
4 IMAGINE - U1163 - Imagine - Institut des maladies génétiques
5 PUMS - Poznan University of Medical Sciences [Poland]
6 Equipe Inserm U1163 - The Clinical Bioinformatics laboratory
7 Equipe Inserm U1163 - Immunogenetics of pediatric autoimmune diseases
8 Equpie Inserm U1163 - Lymphocyte activation and susceptibility to EBV
9 CdF (institution) - Collège de France
10 UPD5 - Université Paris Descartes - Paris 5
11 UNIROMA - Università degli Studi di Roma "La Sapienza" = Sapienza University [Rome]
12 Hospital de São João [Porto]
13 Centre Hospitalier Universitaire Mongi Slim [La Marsa]
14 CHU Saint-Antoine [AP-HP]
15 UKE - Universitaetsklinikum Hamburg-Eppendorf = University Medical Center Hamburg-Eppendorf [Hamburg]
16 CHU Toulouse - Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse
17 University Hospital Motol [Prague]
18 University Hospital Bonn
19 CHRU Lille - Centre Hospitalier Régional Universitaire [CHU Lille]
20 CHU ST-E - Centre Hospitalier Universitaire de Saint-Etienne [CHU Saint-Etienne]
21 Centre Hospitalier Universitaire de Rennes [CHU Rennes] = Rennes University Hospital [Pontchaillou]
22 Service de pédiatrie médicale et médecine de l'adolescent [Rouen]
23 Gazi University
24 APHM - Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille
25 CHU Saint-Pierre
26 Hospital Universitario 12 de Octubre [Madrid]
27 Hospital Universitario Puerta de Hierro-Majadahonda [Madrid, Spain]
28 Unipd - Università degli Studi di Padova = University of Padua
29 UMCL - University Medical Centre Ljubljana [Ljubljana, Slovenia]
30 Inflammation intestinale pathologique de l'enfant
31 AP-HP Hôpital universitaire Robert-Debré [Paris]
32 CHRU Montpellier - Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier]
33 PCCEI - Pathogenesis and Control of Chronic and Emerging Infections
34 General Hospital of Thessaloniki "Ippokrateio"
35 CarMeN - Cardiovasculaire, métabolisme, diabétologie et nutrition
36 HFME - Hôpital Femme Mère Enfant [CHU - HCL]
37 UQ [All campuses : Brisbane, Dutton Park Gatton, Herston, St Lucia and other locations] - The University of Queensland
38 Universidade do Porto = University of Porto
39 Pál Heim Children's Hospital = Heim Pál Gyermekkórház [Budapest]
40 HEGP - Hôpital Européen Georges Pompidou [APHP]
41 Service de Gastroentérologie et pancréatologie [CHU Toulouse]
42 Service Gastroentérologie, hépatologie nutrition, diabétologie et maladies héréditaires du métabolisme pédiatrique [CHU Toulouse]
43 Semmelweis University [Budapest]
44 Universiteit Leiden = Leiden University
45 University of Hradec Králové
46 Hospital Regional Universitario de Málaga = Regional University Hospital of Malaga [Spain]
47 Copenhagen University Hospital
48 Centre Hospitalier Le Mans (CH Le Mans)
49 CHU Strasbourg - Centre Hospitalier Universitaire [Strasbourg]
50 University of Messina
51 Seconda Università degli Studi di Napoli = Second University of Naples
52 CHU Trousseau [APHP]
53 Vilnius University [Vilnius]
54 CHU Trousseau [Tours]
Fabienne Charbit-Henrion
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1221121
- ORCID : 0000-0003-4615-3953
Marianna Parlato
- Fonction : Auteur
- PersonId : 934325
Sabine Rakotobe
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1277093
- IdHAL : sabine-rakotobe
- ORCID : 0000-0001-7622-755X
Julie Bruneau
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1178707
- ORCID : 0000-0001-5519-8489
Frédéric Rieux-Laucat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1062914
- IdHAL : frederic-rieux-laucat
- ORCID : 0000-0001-7858-7866
- IdRef : 086828509
Marie-Claude Stolzenberg
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1351507
- ORCID : 0000-0001-8026-0360
Sylvain Latour
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764611
- ORCID : 0000-0001-8238-4391
- IdRef : 117717886
Christelle Lenoir
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1191412
- ORCID : 0000-0002-9844-654X
Alain Fischer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1164331
- ORCID : 0000-0003-4025-5983
- IdRef : 060735457
Capucine Picard
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758297
- ORCID : 0000-0001-8788-5056
- IdRef : 091572363
Marina Aloi
- Fonction : Auteur
- PersonId : 892181
Mongi Ben Hariz
- Fonction : Auteur
- PersonId : 952450
Christian Breuer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1244229
- ORCID : 0000-0003-0771-3735
Stéphanie Coopman
- Fonction : Auteur
- PersonId : 937410
Olivier Goulet
- Fonction : Auteur
- PersonId : 907897
Jean-Pierre Hugot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 952456
Eric Jeziorski
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1166461
- ORCID : 0000-0003-0318-3044
Alain Lachaux
- Fonction : Auteur
- PersonId : 907892
Fernando Magro
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1271303
- ORCID : 0000-0003-2634-9668
Georgia Malamut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1209400
- ORCID : 0000-0003-4030-3025
Bénédicte Pigneur
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1221122
- ORCID : 0000-0002-5324-9964
Isabel Pinto Pais
- Fonction : Auteur
Nadia Siala
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1006690
Michela Tempia-Caliera
- Fonction : Auteur
Patrick Tounian
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1175086
- ORCID : 0000-0002-2138-6702
Dan Turner
- Fonction : Auteur
Frank Ruemmele
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1187482
- ORCID : 0000-0001-5571-4957
Nadine N. Cerf-Bensussan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 9864
- IdHAL : nadinecerf-bensussan
- ORCID : 0000-0003-0665-1245
- IdRef : 032175221
Résumé
Background and Aims: An expanding number of monogenic defects have been identified as causative of severe forms of very early-onset inflammatory bowel diseases (VEO-IBD). The present study aimed at defining how next-generation sequencing (NGS) methods can be used to improve identification of known molecular diagnosis and adapt treatment. Methods: 207 children were recruited in 45 Paediatric centres through an international collaborative network (ESPGHAN GENIUS working group) with a clinical presentation of severe VEO-IBD (n=185) or an anamnesis suggestive of a monogenic disorder (n=22). Patients were divided at inclusion into three phenotypic subsets: predominantly small bowel inflammation, colitis with perianal lesions, and colitis only. Methods to obtain molecular diagnosis included functional tests followed by specific Sanger sequencing, custom-made targeted NGS, and in selected cases whole exome sequencing (WES) of parents-child trios. Genetic findings were validated clinically and/or functionally. Results: Molecular diagnosis was achieved in 66/207 children (32%): 61% with small bowel inflammation, 39% with colitis and perianal lesions and 18% with colitis only. Targeted NGS pinpointed gene mutations causative of atypical presentations and identified large exonic copy number variations previously missed by WES. Conclusions: Our results lead us to propose an optimised diagnostic strategy to identify known monogenic causes of severe IBD.
| Origine | Publication financée par une institution |
|---|
