Les écosystèmes aquatiques subissent des dommages, qu’ils soient dus à leur artificialisation ou à la pollution mais, dans tous les cas, ces dommages sont le fait de l’homme. Le droit reconnaît la notion d’écosystème qu’il tente de protéger, sur le plan interne, européen ou international, par la voie répressive ou par des procédures préventives. Cela n’empêche pourtant pas la détérioration des milieux aquatiques avec, pour résultat, moins de faune, de flore et des conditions défavorables à leur développement. On peut alors s’interroger sur l’efficacité du droit positif. Est-il suffisant ou conviendrait-il de le réformer ? Le regard croisé de plusieurs disciplines juridiques, sur le thème de la protection des écosystèmes aquatiques, permet de mieux comprendre les enjeux et les difficultés pour le droit de préserver un environnement, d’autant plus fragile qu’il demeure en partie caché par la profondeur de l’eau.