Sequencing and Analysis of Wheat Chromosome 1B
Frédéric Choulet
(1)
,
Hélène Rimbert
(1)
,
Ambre-Aurore Josselin
(1)
,
Benoît Darrier
(1)
,
Pierre Sourdille
(1)
,
François Balfourier
(1)
,
Valérie Barbe
(2)
,
Adriana A. Alberti
(2)
,
Karine Labadie
(2)
,
Sophie Mangenot
(2)
,
Arnaud Couloux
(2)
,
Patrick Wincker
(2)
,
Helene Berges
(3)
,
Michael Alaux
(4)
,
Thomas Letellier
(4)
,
Hadi Quesneville
(4)
,
Zeev Frenkel
(5)
,
Tzion Fahima
(5)
,
Abraham Korol
(5)
,
Etienne Paux
(1)
Frédéric Choulet
- Fonction : Orateur
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Hélène Rimbert
- Fonction : Auteur
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Pierre Sourdille
- Fonction : Auteur
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François Balfourier
- Fonction : Auteur
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Valérie Barbe
- Fonction : Auteur
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Adriana A. Alberti
- Fonction : Auteur
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Karine Labadie
- Fonction : Auteur
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Patrick Wincker
- Fonction : Auteur
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Helene Berges
- Fonction : Auteur
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Michael Alaux
- Fonction : Auteur
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Hadi Quesneville
- Fonction : Auteur
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Etienne Paux
- Fonction : Auteur
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Résumé
We are currently producing a reference sequence of the bread wheat chromosome 1B (535 Mb) by sequencing 6023 BAC clones comprising the minimal tilling path of the physical maps of both short and long arms. BACs were sequenced by pools using a combination of Illumina MiSeq paired-end reads and HiSeq2500 5 kb mate pairs. First round of assembly yielded 7131 scaffolds representing 534 Mb. Report on the improvement of this assembly, the construction of a pseudomolecule and the comparison with the previous sequencing and assembly of chromosome 3B will be presented.