The genome of Eucalyptus grandis
Alexander Myburg
,
Dario Grattapaglia
,
Gerald Tuskan
(1)
,
Uffe Hellsten
(2)
,
Richard Hayes
(3)
,
Jane Grimwood
(4)
,
Jerry Jenkins
(5)
,
Erika Lindquist
(4)
,
Hope Tice
(6)
,
Diane Bauer
,
David Goodstein
(4)
,
Inna Dubchak
(4)
,
Alexandre Poliakov
,
Eshchar Mizrachi
,
Anand Kullan
,
Steven Hussey
,
Desre Pinard
,
Karen van Der Merwe
,
Pooja Singh
,
Ida van Jaarsveld
,
Orzenil Silva-Junior
,
Roberto Togawa
(7)
,
Marilia Pappas
,
Danielle Faria
,
Carolina Sansaloni
,
Cesar Petroli
,
Xiaohan Yang
(1)
,
Priya Ranjan
(1)
,
Timothy Tschaplinski
,
Chu-Yu Ye
(1)
,
Ting Li
(8)
,
Lieven Sterck
(9)
,
Kevin Vanneste
(10)
,
Florent Murat
(11)
,
Marçal Soler
(12)
,
Hélène San Clemente
(12)
,
Naijib Saidi
,
Hua Cassan-Wang
(13)
,
Christophe Dunand
(14)
,
Charles Hefer
,
Erich Bornberg-Bauer
(15)
,
Anna Kersting
(16)
,
Kelly Vining
,
Vindhya Amarasinghe
,
Martin Ranik
,
Sushma Naithani
,
Justin Elser
,
Alexander Boyd
,
Aaron Liston
,
Joseph Spatafora
(17)
,
Palitha Dharmwardhana
,
Rajani Raja
,
Christopher Sullivan
,
Elisson Romanel
,
Marcio Alves-Ferreira
,
Carsten Külheim
,
William Foley
,
Víctor Carocha
(18)
,
Jorge Paiva
(19)
,
David Kudrna
(20)
,
Sergio Brommonschenkel
,
Giancarlo Pasquali
,
Margaret Byrne
,
Philippe Rigault
(21)
,
Josquin Tibbits
(22)
,
Antanas Spokevicius
,
Rebecca Jones
,
Dorothy Steane
,
René Vaillancourt
,
Brad Potts
,
Fourie Joubert
(23)
,
Kerrie Barry
(5)
,
Georgios Pappas
(24)
,
Steven Strauss
,
Pankaj Jaiswal
(25)
,
Jacqueline Grima Pettenati
(13)
,
Jérôme Salse
(11)
,
Yves van de Peer
(9)
,
Daniel Rokhsar
(2)
,
Jeremy Schmutz
(5)
1
BioSciences Division [Oak Ridge]
2 DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek]
3 Department of Epidemiology & Population Health
4 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
5 United States Department of Energy
6 US Department of Energy Joint Genome Institute
7 Embrapa Uva e Vinho (BRAZIL)
8 Technicolor R & I [Cesson Sévigné]
9 PSB Center - Center for Plant Systems Biology
10 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
11 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
12 LRSV - Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
13 Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
14 Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales
15 IEB - Institute for Evolution and Biodiversity
16 WWU - Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
17 Department of Botany and Plant Pathology
18 RAIZ – Forestry & Paper Research Institut
19 Laboratory of Plant Cell Biotechnology
20 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
21 GYDLE
22 Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources
23 Bioinformatics and Computational Biology Unit
24 Institute of Continuing Medical Education of Ioannina
25 PDC - Plastes et différenciation cellulaire
2 DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek]
3 Department of Epidemiology & Population Health
4 DOE - Department of Energy / Joint Genome Institute
5 United States Department of Energy
6 US Department of Energy Joint Genome Institute
7 Embrapa Uva e Vinho (BRAZIL)
8 Technicolor R & I [Cesson Sévigné]
9 PSB Center - Center for Plant Systems Biology
10 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
11 GDEC - Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
12 LRSV - Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
13 Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
14 Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales
15 IEB - Institute for Evolution and Biodiversity
16 WWU - Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
17 Department of Botany and Plant Pathology
18 RAIZ – Forestry & Paper Research Institut
19 Laboratory of Plant Cell Biotechnology
20 EEB - Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
21 GYDLE
22 Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources
23 Bioinformatics and Computational Biology Unit
24 Institute of Continuing Medical Education of Ioannina
25 PDC - Plastes et différenciation cellulaire
Alexander Myburg
- Fonction : Auteur
Dario Grattapaglia
- Fonction : Auteur
Diane Bauer
- Fonction : Auteur
Alexandre Poliakov
- Fonction : Auteur
Eshchar Mizrachi
- Fonction : Auteur
Anand Kullan
- Fonction : Auteur
Steven Hussey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797032
- ORCID : 0000-0002-1079-8373
Desre Pinard
- Fonction : Auteur
Karen van Der Merwe
- Fonction : Auteur
Pooja Singh
- Fonction : Auteur
Ida van Jaarsveld
- Fonction : Auteur
Orzenil Silva-Junior
- Fonction : Auteur
Marilia Pappas
- Fonction : Auteur
Danielle Faria
- Fonction : Auteur
Carolina Sansaloni
- Fonction : Auteur
Cesar Petroli
- Fonction : Auteur
Timothy Tschaplinski
- Fonction : Auteur
Lieven Sterck
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770099
- ORCID : 0000-0001-7116-4000
Florent Murat
- Fonction : Auteur
- PersonId : 751486
- IdHAL : florent-murat
- ORCID : 0000-0003-2116-2511
Hélène San Clemente
- Fonction : Auteur
- PersonId : 809369
- ORCID : 0000-0002-1864-6577
Naijib Saidi
- Fonction : Auteur
Hua Cassan-Wang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1251341
- IdHAL : hua-cassan-wang
- ORCID : 0000-0002-7395-9285
- IdRef : 086167057
Christophe Dunand
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784271
- ORCID : 0000-0003-1637-4042
- IdRef : 18038337X
Charles Hefer
- Fonction : Auteur
Kelly Vining
- Fonction : Auteur
Vindhya Amarasinghe
- Fonction : Auteur
Martin Ranik
- Fonction : Auteur
Sushma Naithani
- Fonction : Auteur
Justin Elser
- Fonction : Auteur
Alexander Boyd
- Fonction : Auteur
Aaron Liston
- Fonction : Auteur
Palitha Dharmwardhana
- Fonction : Auteur
Rajani Raja
- Fonction : Auteur
Christopher Sullivan
- Fonction : Auteur
Elisson Romanel
- Fonction : Auteur
Marcio Alves-Ferreira
- Fonction : Auteur
Carsten Külheim
- Fonction : Auteur
William Foley
- Fonction : Auteur
Sergio Brommonschenkel
- Fonction : Auteur
Giancarlo Pasquali
- Fonction : Auteur
Margaret Byrne
- Fonction : Auteur
Antanas Spokevicius
- Fonction : Auteur
- PersonId : 797033
- ORCID : 0000-0003-3507-9583
Rebecca Jones
- Fonction : Auteur
Dorothy Steane
- Fonction : Auteur
René Vaillancourt
- Fonction : Auteur
Brad Potts
- Fonction : Auteur
Kerrie Barry
- Fonction : Auteur
- PersonId : 776761
- ORCID : 0000-0002-8999-6785
Georgios Pappas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 912264
Steven Strauss
- Fonction : Auteur
Jacqueline Grima Pettenati
- Fonction : Auteur
- PersonId : 823446
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Jérôme Salse
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1147737
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Yves van de Peer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758337
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Résumé
Eucalypts are the world's most widely planted hardwood trees. Their outstanding diversity, adaptability and growth have made them a global renewable resource of fibre and energy. We sequenced and assembled >94% of the 640-megabase genome of Eucalyptus grandis. Of 36,376 predicted protein-coding genes, 34% occur in tandem duplications, the largest proportion thus far in plant genomes. Eucalyptus also shows the highest diversity of genes for specialized metabolites such as terpenes that act as chemical defence and provide unique pharmaceutical oils. Genome sequencing of the E. grandis sister species E. globulus and a set of inbred E. grandis tree genomes reveals dynamic genome evolution and hotspots of inbreeding depression. The E. grandis genome is the first reference for the eudicot order Myrtales and is placed here sister to the eurosids. This resource expands our understanding of the unique biology of large woody perennials and provides a powerful tool to accelerate comparative biology, breeding and biotechnology.
Domaines
Sciences du Vivant [q-bio]Format du dépôt | Fichier |
---|---|
Type de dépôt | Article dans une revue |
Titre |
en
The genome of Eucalyptus grandis
|
Résumé |
en
Eucalypts are the world's most widely planted hardwood trees. Their outstanding diversity, adaptability and growth have made them a global renewable resource of fibre and energy. We sequenced and assembled >94% of the 640-megabase genome of Eucalyptus grandis. Of 36,376 predicted protein-coding genes, 34% occur in tandem duplications, the largest proportion thus far in plant genomes. Eucalyptus also shows the highest diversity of genes for specialized metabolites such as terpenes that act as chemical defence and provide unique pharmaceutical oils. Genome sequencing of the E. grandis sister species E. globulus and a set of inbred E. grandis tree genomes reveals dynamic genome evolution and hotspots of inbreeding depression. The E. grandis genome is the first reference for the eudicot order Myrtales and is placed here sister to the eurosids. This resource expands our understanding of the unique biology of large woody perennials and provides a powerful tool to accelerate comparative biology, breeding and biotechnology.
|
Auteur(s) |
Alexander Myburg
, Dario Grattapaglia
, Gerald Tuskan
1
, Uffe Hellsten
2
, Richard Hayes
3
, Jane Grimwood
4
, Jerry Jenkins
5
, Erika Lindquist
4
, Hope Tice
6
, Diane Bauer
, David Goodstein
4
, Inna Dubchak
4
, Alexandre Poliakov
, Eshchar Mizrachi
, Anand Kullan
, Steven Hussey
, Desre Pinard
, Karen van Der Merwe
, Pooja Singh
, Ida van Jaarsveld
, Orzenil Silva-Junior
, Roberto Togawa
7
, Marilia Pappas
, Danielle Faria
, Carolina Sansaloni
, Cesar Petroli
, Xiaohan Yang
1
, Priya Ranjan
1
, Timothy Tschaplinski
, Chu-Yu Ye
1
, Ting Li
8
, Lieven Sterck
9
, Kevin Vanneste
10
, Florent Murat
11
, Marçal Soler
12
, Hélène San Clemente
12
, Naijib Saidi
, Hua Cassan-Wang
13
, Christophe Dunand
14
, Charles Hefer
, Erich Bornberg-Bauer
15
, Anna Kersting
16
, Kelly Vining
, Vindhya Amarasinghe
, Martin Ranik
, Sushma Naithani
, Justin Elser
, Alexander Boyd
, Aaron Liston
, Joseph Spatafora
17
, Palitha Dharmwardhana
, Rajani Raja
, Christopher Sullivan
, Elisson Romanel
, Marcio Alves-Ferreira
, Carsten Külheim
, William Foley
, Víctor Carocha
18
, Jorge Paiva
19
, David Kudrna
20
, Sergio Brommonschenkel
, Giancarlo Pasquali
, Margaret Byrne
, Philippe Rigault
21
, Josquin Tibbits
22
, Antanas Spokevicius
, Rebecca Jones
, Dorothy Steane
, René Vaillancourt
, Brad Potts
, Fourie Joubert
23
, Kerrie Barry
5
, Georgios Pappas
24
, Steven Strauss
, Pankaj Jaiswal
25
, Jacqueline Grima Pettenati
13
, Jérôme Salse
11
, Yves van de Peer
9
, Daniel Rokhsar
2
, Jeremy Schmutz
5
1
BioSciences Division [Oak Ridge]
( 447818 )
- Oak Ridge, TN 37831
- États-Unis
2
DOE Joint Genome Institute [Walnut Creek]
( 227894 )
- DOE Joint Genome Institute 2800 Mitchell Drive Walnut Creek, CA 94598
- États-Unis
3
Department of Epidemiology & Population Health
( 141414 )
- London
- Royaume-Uni
4
DOE -
Department of Energy / Joint Genome Institute
( 37005 )
- Bioscience Division, Los Alamos National Laboratory, Los Alamos, New Mexico 87545, USA
- États-Unis
5
United States Department of Energy
( 359292 )
- États-Unis
6
US Department of Energy Joint Genome Institute
( 415766 )
- États-Unis
7
Embrapa Uva e Vinho (BRAZIL)
( 303454 )
-
- France
8
Technicolor R & I [Cesson Sévigné]
( 118587 )
- 975 avenue des champs blancs CS 17616 35576 Cesson Sévigné
- France
9
PSB Center -
Center for Plant Systems Biology
( 16834 )
- VIB Department of Plant Systems Biology, Ghent University Technologiepark 927 9052 Gent, BELGIUM
- Belgique
10
UGENT -
Universiteit Gent = Ghent University
( 302729 )
- St. Pietersnieuwstraat 33, 9000 Gent,
- Belgique
11
GDEC -
Génétique Diversité et Ecophysiologie des Céréales
( 133378 )
- Site INRAE Crouël : 5, Chemin de Beaulieu, 63039 Clermont-Ferrand // Site Clermont : Campus Universitaire des Cézeaux, TSA 60026, 1 Impasse Amélie Murat, 63178 Aubière
- France
12
LRSV -
Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales
( 173798 )
- 24 Chemin de Borde-Rouge BP 42617 Auzeville 31326 CASTANET TOLOSAN CEDEX
- France
13
Régulation et Dynamique de la Formation du Bois
( 1076564 )
- Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales,
24, chemin de Borde-Rouge,
31320 Auzeville-Tolosane
- France
14
Dynamique et Evolution des Parois cellulaires végétales
( 1076561 )
- Laboratoire de Recherche en Sciences Végétales,
24, chemin de Borde-Rouge,
31320 Auzeville-Tolosane
- France
15
IEB -
Institute for Evolution and Biodiversity
( 215411 )
- Allemagne
16
WWU -
Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
( 325710 )
- Universität Münster Schlossplatz 2 48149 Münster
- Allemagne
17
Department of Botany and Plant Pathology
( 63798 )
- États-Unis
18
RAIZ – Forestry & Paper Research Institut
( 425347 )
- Portugal
19
Laboratory of Plant Cell Biotechnology
( 261859 )
- Oeiras
- Portugal
20
EEB -
Ecology and Evolutionary Biology [Tucson]
( 173274 )
- P.O. Box 210088 - BioSciences West 310 Tucson, AZ 85721
- États-Unis
21
GYDLE
( 542641 )
- Canada
22
Agriculture Victoria Research, Department of Economic Development, Jobs, Transport and Resources
( 542640 )
- Australie
23
Bioinformatics and Computational Biology Unit
( 26130 )
- 0002 Pretoria
- Afrique du Sud
24
Institute of Continuing Medical Education of Ioannina
( 171486 )
- Grèce
25
PDC -
Plastes et différenciation cellulaire
( 735 )
- bat. CERMO 460 Rue de la piscine - BP 53 38041 GRENOBLE CEDEX 9
- France
|
Langue du document |
Anglais
|
Nom de la revue |
|
Vulgarisation |
Non
|
Comité de lecture |
Oui
|
Audience |
Internationale
|
Date de publication |
2014-06
|
Volume |
510
|
Numéro |
7505
|
Page/Identifiant |
356-362
|
URL éditeur |
http://www.nature.com/nature/index.html
|
Public visé |
Scientifique
|
Sous-type de document pour les Articles |
Research article
|
Licence |
Paternité - Pas d'utilisation commerciale - Partage selon les Conditions Initiales
|
Version du document |
version éditeur
|
Domaine(s) |
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Voir aussi |
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Indexation contrôlée |
|
DOI | 10.1038/nature13308 |
ProdINRA | 272499 |
UT key WOS | 000337350200027 |
Origine :
Fichiers éditeurs autorisés sur une archive ouverte
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