Echinococcus multilocularis (Em) est un cestode Responsable de l’échinococcose alvéolaire. Les carnivores hôtes définitifs abritent les vers adultes qui produisent des œufs (formes infectantes des rongeurs et de l’homme) répandus dans l’environnement avec les fèces. L’utilisation de marqueurs moléculaires permet d’identifier et de suivre des variants génétiques parasitaires dans la population vulpine. Cependant l’ADN est souvent extrait des vers adultes impliquant un piégeage et une autopsie pratiqués sur les carnivores. Nous avons développé une approche non invasive qui a consisté à typer un à un les œufs contenus dans des fèces de renard, chien et chat testées positives par une qPCR spécifique d’Em et à étudier leur variabilité génétique à l'aide du microsatellite EmsB. Des œufs d’Em ont été isolés par flottaison dans 1/3 (31/96) des fèces de carnivores (70 de renard, 15 de chien, 6 de chat) collectées dans un village situé en zone d’endémie de l’échinococcose alvéolaire (département du Doubs) et testées positives par la qPCR. En analyses préliminaires, 18 œufs isolés `a partir de 6 fèces de renard (1 à 4 œufs par fèces) présentaient 3 profils EmsB différents notifiés précédemment dans la région d’étude, en France et en Europe. Ces données confirment que la présence d’ADN du parasite ne présume pas de la présence des œufs. Une confirmation par flottaison est alors nécessaire pour estimer le risque infectieux. Dans cette approche non invasive, l’isolement individuel des œufs a permis de mettre en évidence pour la première fois des profils EmsB à partir des fèces.