Looking Inside Marine Organisms with Magnetic Resonance and X-ray Imaging
Irène Zanette
(1)
,
Gheylen Daghfous
(2)
,
Timm Weitkamp
(3)
,
Brigitte Gillet
(4)
,
Dominique Adriaens
(5)
,
Max Langer
(6)
,
Peter Cloetens
(7)
,
Lukas Helfen
(8, 9)
,
Alberto Bravin
(7)
,
Françoise Peyrin
(6)
,
Tilo Baumbach
(9, 8)
,
Jean-Michel Dischler
(10)
,
Denis Van Loo
(5)
,
Tomas Praet
(5)
,
Marie Poirier-Quinot
(4)
,
Renaud Boistel
(11)
1
TUM -
Technische Universität Munchen - Technical University Munich - Université Technique de Munich
2 GRSNC - Groupe de recherche sur le système nerveux central [Montréal]
3 SSOLEIL - Synchrotron SOLEIL
4 IR4M - Imagerie par Résonance Magnétique Médicale et Multi-Modalités
5 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
6 CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
7 ESRF - European Synchrotron Radiation Facility
8 Karlsruhe Inst Technol, Inst Photon Sci & Synchrotron Radiat IPS, D-76021 Karlsruhe, Germany
9 KIT - Karlsruhe Institute of Technology = Karlsruher Institut für Technologie
10 LSIIT - Laboratoire des Sciences de l'Image, de l'Informatique et de la Télédétection
11 IPHEP - Institut International de Paléoprimatologie, Paléontologie Humaine : Evolution et Paléoenvironnement
2 GRSNC - Groupe de recherche sur le système nerveux central [Montréal]
3 SSOLEIL - Synchrotron SOLEIL
4 IR4M - Imagerie par Résonance Magnétique Médicale et Multi-Modalités
5 UGENT - Universiteit Gent = Ghent University
6 CREATIS - Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
7 ESRF - European Synchrotron Radiation Facility
8 Karlsruhe Inst Technol, Inst Photon Sci & Synchrotron Radiat IPS, D-76021 Karlsruhe, Germany
9 KIT - Karlsruhe Institute of Technology = Karlsruher Institut für Technologie
10 LSIIT - Laboratoire des Sciences de l'Image, de l'Informatique et de la Télédétection
11 IPHEP - Institut International de Paléoprimatologie, Paléontologie Humaine : Evolution et Paléoenvironnement
Timm Weitkamp
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1163644
- IdHAL : timm-weitkamp
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- IdRef : 245206698
Dominique Adriaens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 765343
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Max Langer
- Fonction : Auteur
- PersonId : 16477
- IdHAL : max-langer
- ORCID : 0000-0002-5821-9617
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Alberto Bravin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 761082
- ORCID : 0000-0001-6868-2755
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Françoise Peyrin
- Fonction : Auteur
- PersonId : 20272
- IdHAL : francoise-peyrin
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Jean-Michel Dischler
- Fonction : Auteur
- PersonId : 885001
Marie Poirier-Quinot
- Fonction : Auteur
- PersonId : 738750
- IdHAL : marie-poirier-quinot
- ORCID : 0000-0003-3199-7432
- IdRef : 087670461
Renaud Boistel
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1185028
Résumé
In this chapter we describe computer‐based tomographic methods using magnetic resonance imaging (MRI) and X‐ray absorption as well as X‐ray phase‐contrast imaging techniques. The latter are based on refraction and near‐field diffraction of X‐rays and are gaining increased attention due to the increase in sensitivity they offer over conventional, attenuation‐based X‐ray techniques. The increased sensitivity is of particular interest in marine biology imaging, especially for soft tissue visualization and analysis. The basic principles of the imaging techniques are described, starting with an analysis of the image formation process, followed by a review of several tomography methods, such as MRI or X‐ray imaging, and practical guidelines for parameter selection. Finally, two relevant examples of imaging are presented: imaging in marine biology (segmentation and visualization) and small animal (sea horse) imaging. These examples illustrate imaging under different conditions and using different reconstruction options.
Domaines
ImagerieFormat du dépôt | Notice |
---|---|
Type de dépôt | Chapitre d'ouvrage |
Résumé |
en
In this chapter we describe computer‐based tomographic methods using magnetic resonance imaging (MRI) and X‐ray absorption as well as X‐ray phase‐contrast imaging techniques. The latter are based on refraction and near‐field diffraction of X‐rays and are gaining increased attention due to the increase in sensitivity they offer over conventional, attenuation‐based X‐ray techniques. The increased sensitivity is of particular interest in marine biology imaging, especially for soft tissue visualization and analysis. The basic principles of the imaging techniques are described, starting with an analysis of the image formation process, followed by a review of several tomography methods, such as MRI or X‐ray imaging, and practical guidelines for parameter selection. Finally, two relevant examples of imaging are presented: imaging in marine biology (segmentation and visualization) and small animal (sea horse) imaging. These examples illustrate imaging under different conditions and using different reconstruction options.
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Titre |
en
Looking Inside Marine Organisms with Magnetic Resonance and X-ray Imaging
|
Auteur(s) |
Irène Zanette
1
, Gheylen Daghfous
2
, Timm Weitkamp
3
, Brigitte Gillet
4
, Dominique Adriaens
5
, Max Langer
6
, Peter Cloetens
7
, Lukas Helfen
8, 9
, Alberto Bravin
7
, Françoise Peyrin
6
, Tilo Baumbach
9, 8
, Jean-Michel Dischler
10
, Denis Van Loo
5
, Tomas Praet
5
, Marie Poirier-Quinot
4
, Renaud Boistel
11
1
TUM -
Technische Universität Munchen - Technical University Munich - Université Technique de Munich
( 132871 )
- Arcisstrasse 21, D- 80333 München
- Allemagne
2
GRSNC -
Groupe de recherche sur le système nerveux central [Montréal]
( 102688 )
- Université de Montréal Groupe de recherche sur le système nerveux central (GRSNC) C.P. 6128, succursale Centre-ville Montréal (Québec) Canada H3C 3J7
- Canada
3
SSOLEIL -
Synchrotron SOLEIL
( 1744 )
- L'Orme des Merisiers Saint-Aubin - BP 48 91192 GIF-sur-YVETTE CEDEX
- France
4
IR4M -
Imagerie par Résonance Magnétique Médicale et Multi-Modalités
( 167945 )
- France
5
UGENT -
Universiteit Gent = Ghent University
( 302729 )
- St. Pietersnieuwstraat 33, 9000 Gent,
- Belgique
6
CREATIS -
Centre de Recherche en Acquisition et Traitement de l'Image pour la Santé
( 139739 )
- 7 avenue Jean Capelle, Bat Blaise Pascal, 69621 Villeurbanne Cedex
- France
7
ESRF -
European Synchrotron Radiation Facility
( 2568 )
- 6 rue Jules Horowitz BP220 38043 GRENOBLE CEDEX
- France
8
Karlsruhe Inst Technol, Inst Photon Sci & Synchrotron Radiat IPS, D-76021 Karlsruhe, Germany
( 503947 )
- Allemagne
9
KIT -
Karlsruhe Institute of Technology = Karlsruher Institut für Technologie
( 150665 )
- Campus North, Hermann-von-Helmholtz-Platz 1, 76344 Eggenstein-Leopoldshafen / Campus South, Kaiserstraße 12, 76131 Karlsruhe
- Allemagne
10
LSIIT -
Laboratoire des Sciences de l'Image, de l'Informatique et de la Télédétection
( 93775 )
- Pole API Bd Sebastien Brant BP 10413 67412 Illkirch CEDEX
- France
11
IPHEP -
Institut International de Paléoprimatologie, Paléontologie Humaine : Evolution et Paléoenvironnement
( 199353 )
- Bât B35 - TSA 51106
6 rue Michel Brunet
86073 POITIERS Cedex 9
- France
|
Page/Identifiant |
122-184
|
Langue du document |
Anglais
|
Titre de l'ouvrage |
Imaging Marine Life: Macrophotography and Microscopy Approaches for Marine Biology
|
ISBN |
9783527327447
|
Vulgarisation |
Non
|
Audience |
Internationale
|
Date de publication |
2013-12-06
|
Lieu de publication |
Weinheim, Germany
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Éditeur commercial |
|
Domaine(s) |
|
Mots-clés |
en
absorption contrast, diffusion tensor imaging, functional MRI, grating interferometry, laminography, magnetic resonance imaging (MRI), MEMRI, phase contrast, phase retrieval, phase tomography, X‐ray imaging
|
DOI | 10.1002/9783527675418.ch7 |
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