Open Source Brain: A Collaborative Resource for Visualizing, Analyzing, Simulating, and Developing Standardized Models of Neurons and Circuits - Archive ouverte HAL Accéder directement au contenu
Article Dans Une Revue Neuron Année : 2019

Open Source Brain: A Collaborative Resource for Visualizing, Analyzing, Simulating, and Developing Standardized Models of Neurons and Circuits

Boris Marin
  • Fonction : Auteur
Matt Earnshaw
  • Fonction : Auteur
Sadra Sadeh
  • Fonction : Auteur
Eugenio Piasini
  • Fonction : Auteur
Justas Birgiolas
  • Fonction : Auteur
N Alex Cayco-Gajic
  • Fonction : Auteur
Sharon Crook
  • Fonction : Auteur
Salvador Dura-Bernal
  • Fonction : Auteur
András Ecker
  • Fonction : Auteur
Giovanni Idili
  • Fonction : Auteur
Stephen Larson
  • Fonction : Auteur
William Lytton
  • Fonction : Auteur
Amitava Majumdar
  • Fonction : Auteur
Robert Mcdougal
Subhashini Sivagnanam
  • Fonction : Auteur
Sergio Solinas
  • Fonction : Auteur
Rokas Stanislovas
  • Fonction : Auteur
Sacha van Albada
Werner van Geit
  • Fonction : Auteur

Résumé

Computational models are powerful tools for exploring the properties of complex biological systems. In neuroscience, data-driven models of neural circuits that span multiple scales are increasingly being used to understand brain function in health and disease. But their adoption and reuse has been limited by the specialist knowledge required to evaluate and use them. To address this, we have developed Open Source Brain, a platform for sharing, viewing, analyzing, and simulating standardized models from different brain regions and species. Model structure and parameters can be automatically visualized and their dynamical properties explored through browser-based simulations. Infrastructure and tools for collaborative interaction, development, and testing are also provided. We demonstrate how existing components can be reused by constructing new models of inhibition-stabilized cortical networks that match recent experimental results. These features of Open Source Brain improve the accessibility, transparency, and reproducibility of models and facilitate their reuse by the wider community.
Fichier principal
Vignette du fichier
PIIS0896627319304441.pdf (7.45 Mo) Télécharger le fichier
Origine : Publication financée par une institution

Dates et versions

hal-02193259 , version 1 (08-12-2020)

Identifiants

Citer

Padraig Gleeson, Matteo Cantarelli, Boris Marin, Adrian Quintana, Matt Earnshaw, et al.. Open Source Brain: A Collaborative Resource for Visualizing, Analyzing, Simulating, and Developing Standardized Models of Neurons and Circuits. Neuron, 2019, 103 (3), pp.395. ⟨10.1016/j.neuron.2019.05.019⟩. ⟨hal-02193259⟩
152 Consultations
48 Téléchargements

Altmetric

Partager

Gmail Facebook X LinkedIn More