Discovery of common and rare genetic risk variants for colorectal cancer
Jeroen Huyghe
(1)
,
Stephanie Bien
,
Tabitha Harrison
,
Hyun Min Kang
,
Sai Chen
,
Stephanie Schmit
,
David Conti
,
Conghui Qu
,
Jihyoun Jeon
,
Christopher Edlund
,
Peyton Greenside
,
Michael Wainberg
,
Fredrick R Schumacher
(2)
,
Joshua Smith
,
David Levine
,
Sarah Nelson
,
Nasa Sinnott-Armstrong
,
Demetrius Albanes
(3)
,
M. Henar Alonso
,
Kristin Anderson
,
Coral Arnau-Collell
,
Volker Arndt
(4)
,
Christina Bamia
(5)
,
Barbara Banbury
,
John Baron
,
Sonja I Berndt
(3)
,
Stéphane Bézieau
(6)
,
D. Timothy Bishop
,
Juergen Boehm
,
Heiner Boeing
(7)
,
Hermann Brenner
(8)
,
Stefanie Brezina
,
Stephan Buch
,
Daniel Buch
,
Andrea Burnett-Hartman
,
Katja Butterbach
(9)
,
Bette Caan
,
Peter J Campbell
(10)
,
Christopher Carlson
,
Sergi Castellví-Bel
,
Andrew Chan
,
Jenny Chan
(11)
,
Stephen Chan
,
María-Dolores Chirlaque
(12)
,
Sang Hee Cho
,
Charles Connolly
,
Amanda Cross
,
Katarina Cuk
,
Keith Curtis
(13)
,
Albert de La Chapelle
(14)
,
Kimberly Doheny
,
David Duggan
,
Douglas Easton
(15)
,
Sjoerd Elias
,
Faye Elliott
(16)
,
Dallas R English
(17)
,
Edith Feskens
(18)
,
Jane Figueiredo
,
Rocky Fischer
,
Liesel M. Fitzgerald
(19)
,
David Forman
(20)
,
Manish Gala
,
Steven Gallinger
(21)
,
W. James Gauderman
,
Graham G Giles
(22)
,
Elizabeth Gillanders
,
Jian Gong
,
Phyllis Goodman
,
William Grady
,
John Grove
,
Andrea Gsur
,
Marc Gunter
(23)
,
Robert Haile
,
Jochen Hampe
(24)
,
Heather Hampe
,
Sophia Harlid
,
Richard Hayes
(25)
,
Philipp Hofer
,
Michael Hoffmeister
(26)
,
John Hopper
(27)
,
Wan-Ling Hsu
,
Wen-Yi Huang
,
Thomas J. Hudson
(28)
,
David R. Hunter
(29)
,
Gemma Ibañez-Sanz
,
Gregory Idos
,
Roxann Ingersoll
,
Rebecca Jackson
,
Eric Jacobs
,
Mark Jenkins
,
Amit J Joshi
(30)
,
Corinne Joshu
,
Temitope Keku
,
Timothy Key
(31)
,
Hyeong Rok Kim
,
Emiko Kobayashi
,
Laurence Kolonel
,
Charles Kooperberg
,
Tilman Kühn
(32)
,
Sébastien Küry
(6)
,
Sun-Seog Kweon
,
Susanna Larsson
,
Cecelia Laurie
,
Marc Le Marchand
,
Suzanne M. Leal
(33)
,
Soo Chin Lee
(34)
,
Flavio Lejbkowicz
(35)
,
Mathieu Lemire
(36)
,
Christopher Li
,
Li Li
,
Tin Louie
,
Satu Männistö
(37)
,
Mark Markowitz
,
Vicente Martín
(38)
,
Giovanna Masala
(39)
,
Caroline Mcneil
,
Marilena Melas
,
Roger L Milne
(17)
,
Lorena Moreno
,
Neil Murphy
,
Robin Myte
,
Alessio Naccarati
,
Polly Newcomb
,
Kenneth Offit
(40)
,
Shuji Ogino
(41)
,
N. Charlotte Onland-Moret
(42)
,
Barbara Pardini
,
Patrick Parfrey
,
Rachel Pearlman
,
Vittorio Perduca
(43, 44)
,
Paul Pharoah
(45)
,
Mila Pinchev
,
Elizabeth Platz
,
Ross Prentice
,
Elizabeth Pugh
,
Leon Raskin
,
Gad Rennert
(35)
,
Hedy Rennert
,
Elio Riboli
(46)
,
Miguel Rodríguez-Barranco
,
Jane Romm
,
Lori Sakoda
,
Clemens Schafmayer
(47)
,
Robert Schoen
,
Daniel Seminara
,
Mitul Shah
,
Tameka Shelford
,
Min-Ho Shin
,
Katerina Shulman
,
Sabina Sieri
(48)
,
Martha Slattery
,
Melissa Southey
(49)
,
Zsofia Stadler
,
Christa Stegmaier
,
Yu-Ru Su
,
Catherine M Tangen
(50)
,
Stephen N. Thibodeau
(51)
,
Thomas Thomas
,
Thomas Su
,
Amanda Toland
(52)
,
Antonia Trichopoulou
(53)
,
Cornelia Ulrich
,
David van den Berg
,
Franzel van Duijnhoven
,
Bethany van Guelpen
(54)
,
Henk van Kranen
,
Joseph Vijai
(55)
,
Kala Visvanathan
,
Pavel Vodicka
(56)
,
Ludmila Vodickova
,
Veronika Vymetalkova
,
Korbinian Weigl
,
Stephanie Weinstein
,
Emily White
,
Aung Ko Win
,
C. Roland Wolf
(57)
,
Alicja Wolk
(58)
,
Michael Woods
,
Anna Wu
,
Syed Zaidi
,
Brent Zanke
,
Qing Zhang
(59)
,
Wei Zheng
(60)
,
Peter Scacheri
,
John Potter
,
Michael Bassik
,
Anshul Kundaje
(61)
,
Graham Casey
(62)
,
Victor Moreno
(63)
,
Goncalo Abecasis
(64)
,
Deborah A Nickerson
(65)
,
Stephen B. Gruber
(66)
,
Li Hsu
,
Peter Peters
(67)
1
Department of Medical Genetics
2 Case Western Reserve University [Cleveland]
3 NCI-NIH - National Cancer Institute [Bethesda]
4 Division of Clinical Epidemiology and Aging Research
5 WHO Collaborating Center for Food and Nutrition Policies, Department of Hygiene
6 Service de Génétique
7 Department of Epidemiology
8 Division of Clinical Epidemiology and Aging Research
9 Division of Cancer Epidemiology
10 Cancer Genome Project
11 Division of Signaling Biology
12 CIBERESP - Consorcio de Investigación Biomédica en Red especializado en Epidemiología y Salud Pública
13 NIST - National Institute of Standards and Technology [Gaithersburg]
14 OSU - The Ohio State University [Columbus]
15 Centre for Cancer Genetic Epidemiology
16 Section of Epidemiology and Biostatistics
17 Cancer Epidemiology Centre
18 Division of Human Nutrition
19 Division of Public Health Sciences
20 Northern and Yorkshire Cancer Registry and Information Service
21 Familial Gastrointestinal Cancer Registry
22 University of Melbourne
23 Nutrition and Metabolism Section
24 Department of Internal Medicine I
25 LSHTM - London School of Hygiene and Tropical Medicine
26 Fraunhofer IPA - Fraunhofer Institute for Manufacturing Engineering and Automation
27 Centre for Molecular , Environmental, Genetic and Analytic (MEGA) Epidemiology
28 Department of Mathematics, University of Warwick
29 Department of Statistics, Penn State University
30 Tata Memorial Centre
31 Cancer Epidemiology Unit
32 Thermo Fisher Scientific
33 Department of Molecular and Human Genetics
34 National University Health System
35 Department of Community Medicine and Epidemiology
36 OICR - Ontario Institute for Cancer Research [Canada]
37 Chronic Disease Epidemiology and Prevention Unit
38 Dell-EMC
39 ISPO - Molecular and Nutritional Epidemiology Unit
40 Clinical Genetics Service
41 Department of Pathology
42 UMCU - University Medical Center [Utrecht]
43 MAP5 - UMR 8145 - Mathématiques Appliquées Paris 5
44 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
45 Department of Oncology
46 Department of Epidemiology and Biostatistics
47 Department of Visceral and Thoracic Surgery [Kiel, Germany]
48 Nutritional Epidemiology Unit
49 entre for Molecular, Environmental, Genetic and Analytic (MEGA) Epidemiology
50 FHCRC - Fred Hutchinson Cancer Research Center [Seattle]
51 Department of Laboratory Medicine and Department of Pathology
52 Department of Molecular Virology, Immunology and Medical Genetics [Colombus]
53 Department of Hygiene, Epidemiology and Medical Statistics
54 Department of Medical Biosciences and Pathology
55 Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York]
56 Institute of Experimental Medicine
57 Dundee Technopole
58 Karolinska Institutet [Stockholm]
59 CINTRA / SEEE Nanyang Technological University
60 CAS - Center for Astrophysical Sciences [Baltimore]
61 Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory (CSAIL)
62 Department of Preventive Medicine
63 Biomedical Research Centre Network for Rare Diseases
64 Medstar Research Institute
65 GS - Department of Genome Sciences [Seattle]
66 Department of Internal Medicine, Epidemiology, Human Genetics
67 University of Oxford
2 Case Western Reserve University [Cleveland]
3 NCI-NIH - National Cancer Institute [Bethesda]
4 Division of Clinical Epidemiology and Aging Research
5 WHO Collaborating Center for Food and Nutrition Policies, Department of Hygiene
6 Service de Génétique
7 Department of Epidemiology
8 Division of Clinical Epidemiology and Aging Research
9 Division of Cancer Epidemiology
10 Cancer Genome Project
11 Division of Signaling Biology
12 CIBERESP - Consorcio de Investigación Biomédica en Red especializado en Epidemiología y Salud Pública
13 NIST - National Institute of Standards and Technology [Gaithersburg]
14 OSU - The Ohio State University [Columbus]
15 Centre for Cancer Genetic Epidemiology
16 Section of Epidemiology and Biostatistics
17 Cancer Epidemiology Centre
18 Division of Human Nutrition
19 Division of Public Health Sciences
20 Northern and Yorkshire Cancer Registry and Information Service
21 Familial Gastrointestinal Cancer Registry
22 University of Melbourne
23 Nutrition and Metabolism Section
24 Department of Internal Medicine I
25 LSHTM - London School of Hygiene and Tropical Medicine
26 Fraunhofer IPA - Fraunhofer Institute for Manufacturing Engineering and Automation
27 Centre for Molecular , Environmental, Genetic and Analytic (MEGA) Epidemiology
28 Department of Mathematics, University of Warwick
29 Department of Statistics, Penn State University
30 Tata Memorial Centre
31 Cancer Epidemiology Unit
32 Thermo Fisher Scientific
33 Department of Molecular and Human Genetics
34 National University Health System
35 Department of Community Medicine and Epidemiology
36 OICR - Ontario Institute for Cancer Research [Canada]
37 Chronic Disease Epidemiology and Prevention Unit
38 Dell-EMC
39 ISPO - Molecular and Nutritional Epidemiology Unit
40 Clinical Genetics Service
41 Department of Pathology
42 UMCU - University Medical Center [Utrecht]
43 MAP5 - UMR 8145 - Mathématiques Appliquées Paris 5
44 CESP - Centre de recherche en épidémiologie et santé des populations
45 Department of Oncology
46 Department of Epidemiology and Biostatistics
47 Department of Visceral and Thoracic Surgery [Kiel, Germany]
48 Nutritional Epidemiology Unit
49 entre for Molecular, Environmental, Genetic and Analytic (MEGA) Epidemiology
50 FHCRC - Fred Hutchinson Cancer Research Center [Seattle]
51 Department of Laboratory Medicine and Department of Pathology
52 Department of Molecular Virology, Immunology and Medical Genetics [Colombus]
53 Department of Hygiene, Epidemiology and Medical Statistics
54 Department of Medical Biosciences and Pathology
55 Memorial Sloane Kettering Cancer Center [New York]
56 Institute of Experimental Medicine
57 Dundee Technopole
58 Karolinska Institutet [Stockholm]
59 CINTRA / SEEE Nanyang Technological University
60 CAS - Center for Astrophysical Sciences [Baltimore]
61 Computer Science and Artificial Intelligence Laboratory (CSAIL)
62 Department of Preventive Medicine
63 Biomedical Research Centre Network for Rare Diseases
64 Medstar Research Institute
65 GS - Department of Genome Sciences [Seattle]
66 Department of Internal Medicine, Epidemiology, Human Genetics
67 University of Oxford
Stephanie Bien
- Fonction : Auteur
Tabitha Harrison
- Fonction : Auteur
Hyun Min Kang
- Fonction : Auteur
Sai Chen
- Fonction : Auteur
Stephanie Schmit
- Fonction : Auteur
David Conti
- Fonction : Auteur
Conghui Qu
- Fonction : Auteur
Jihyoun Jeon
- Fonction : Auteur
Christopher Edlund
- Fonction : Auteur
Peyton Greenside
- Fonction : Auteur
Michael Wainberg
- Fonction : Auteur
Joshua Smith
- Fonction : Auteur
David Levine
- Fonction : Auteur
Sarah Nelson
- Fonction : Auteur
Nasa Sinnott-Armstrong
- Fonction : Auteur
M. Henar Alonso
- Fonction : Auteur
Kristin Anderson
- Fonction : Auteur
Coral Arnau-Collell
- Fonction : Auteur
Volker Arndt
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764293
- ORCID : 0000-0001-9320-8684
Barbara Banbury
- Fonction : Auteur
John Baron
- Fonction : Auteur
D. Timothy Bishop
- Fonction : Auteur
Juergen Boehm
- Fonction : Auteur
Stefanie Brezina
- Fonction : Auteur
Stephan Buch
- Fonction : Auteur
Daniel Buch
- Fonction : Auteur
Andrea Burnett-Hartman
- Fonction : Auteur
Bette Caan
- Fonction : Auteur
Christopher Carlson
- Fonction : Auteur
Sergi Castellví-Bel
- Fonction : Auteur
Andrew Chan
- Fonction : Auteur
Stephen Chan
- Fonction : Auteur
- PersonId : 785426
- ORCID : 0000-0002-9520-7527
María-Dolores Chirlaque
- Fonction : Auteur
- PersonId : 925882
Sang Hee Cho
- Fonction : Auteur
Charles Connolly
- Fonction : Auteur
Amanda Cross
- Fonction : Auteur
Katarina Cuk
- Fonction : Auteur
Keith Curtis
- Fonction : Auteur
- PersonId : 1038761
Kimberly Doheny
- Fonction : Auteur
David Duggan
- Fonction : Auteur
Sjoerd Elias
- Fonction : Auteur
Edith Feskens
- Fonction : Auteur
- PersonId : 774018
- ORCID : 0000-0001-5819-2488
Jane Figueiredo
- Fonction : Auteur
Rocky Fischer
- Fonction : Auteur
Manish Gala
- Fonction : Auteur
W. James Gauderman
- Fonction : Auteur
Elizabeth Gillanders
- Fonction : Auteur
Jian Gong
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792955
- ORCID : 0000-0001-7214-1628
Phyllis Goodman
- Fonction : Auteur
William Grady
- Fonction : Auteur
John Grove
- Fonction : Auteur
Andrea Gsur
- Fonction : Auteur
Robert Haile
- Fonction : Auteur
Heather Hampe
- Fonction : Auteur
Sophia Harlid
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791523
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Richard Hayes
- Fonction : Auteur
- PersonId : 763647
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Philipp Hofer
- Fonction : Auteur
Michael Hoffmeister
- Fonction : Auteur
- PersonId : 778951
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John Hopper
- Fonction : Auteur
- PersonId : 920699
Wan-Ling Hsu
- Fonction : Auteur
Wen-Yi Huang
- Fonction : Auteur
Gemma Ibañez-Sanz
- Fonction : Auteur
Gregory Idos
- Fonction : Auteur
Roxann Ingersoll
- Fonction : Auteur
Rebecca Jackson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 791424
- ORCID : 0000-0002-0861-3173
Eric Jacobs
- Fonction : Auteur
Mark Jenkins
- Fonction : Auteur
Corinne Joshu
- Fonction : Auteur
Temitope Keku
- Fonction : Auteur
Hyeong Rok Kim
- Fonction : Auteur
Emiko Kobayashi
- Fonction : Auteur
Laurence Kolonel
- Fonction : Auteur
Charles Kooperberg
- Fonction : Auteur
Sun-Seog Kweon
- Fonction : Auteur
Susanna Larsson
- Fonction : Auteur
Cecelia Laurie
- Fonction : Auteur
Marc Le Marchand
- Fonction : Auteur
Christopher Li
- Fonction : Auteur
Li Li
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756585
- ORCID : 0000-0002-7163-6263
Tin Louie
- Fonction : Auteur
Mark Markowitz
- Fonction : Auteur
Giovanna Masala
- Fonction : Auteur
- PersonId : 759528
- ORCID : 0000-0002-5758-9069
Caroline Mcneil
- Fonction : Auteur
Marilena Melas
- Fonction : Auteur
Lorena Moreno
- Fonction : Auteur
Neil Murphy
- Fonction : Auteur
Robin Myte
- Fonction : Auteur
Alessio Naccarati
- Fonction : Auteur
- PersonId : 795359
- ORCID : 0000-0001-5774-0905
Polly Newcomb
- Fonction : Auteur
Barbara Pardini
- Fonction : Auteur
Patrick Parfrey
- Fonction : Auteur
Rachel Pearlman
- Fonction : Auteur
Vittorio Perduca
- Fonction : Auteur
- PersonId : 11396
- IdHAL : vittorio-perduca
- ORCID : 0000-0003-0339-0473
Mila Pinchev
- Fonction : Auteur
Elizabeth Platz
- Fonction : Auteur
Ross Prentice
- Fonction : Auteur
Elizabeth Pugh
- Fonction : Auteur
Leon Raskin
- Fonction : Auteur
Gad Rennert
- Fonction : Auteur
- PersonId : 766345
- ORCID : 0000-0002-8512-068X
Hedy Rennert
- Fonction : Auteur
Elio Riboli
- Fonction : Auteur
- PersonId : 757264
- ORCID : 0000-0001-6795-6080
- IdRef : 030854032
Miguel Rodríguez-Barranco
- Fonction : Auteur
Jane Romm
- Fonction : Auteur
Lori Sakoda
- Fonction : Auteur
Robert Schoen
- Fonction : Auteur
Daniel Seminara
- Fonction : Auteur
Mitul Shah
- Fonction : Auteur
Tameka Shelford
- Fonction : Auteur
Min-Ho Shin
- Fonction : Auteur
Katerina Shulman
- Fonction : Auteur
Sabina Sieri
- Fonction : Auteur
- PersonId : 764918
- ORCID : 0000-0001-5201-172X
Martha Slattery
- Fonction : Auteur
Melissa Southey
- Fonction : Auteur
- PersonId : 909905
Zsofia Stadler
- Fonction : Auteur
Christa Stegmaier
- Fonction : Auteur
Yu-Ru Su
- Fonction : Auteur
Thomas Thomas
- Fonction : Auteur
Thomas Su
- Fonction : Auteur
Amanda Toland
- Fonction : Auteur
- PersonId : 920686
Cornelia Ulrich
- Fonction : Auteur
David van den Berg
- Fonction : Auteur
Franzel van Duijnhoven
- Fonction : Auteur
Bethany van Guelpen
- Fonction : Auteur
- PersonId : 908191
Henk van Kranen
- Fonction : Auteur
Joseph Vijai
- Fonction : Auteur
- PersonId : 768762
- ORCID : 0000-0002-7933-151X
Kala Visvanathan
- Fonction : Auteur
Ludmila Vodickova
- Fonction : Auteur
Veronika Vymetalkova
- Fonction : Auteur
Korbinian Weigl
- Fonction : Auteur
Stephanie Weinstein
- Fonction : Auteur
Emily White
- Fonction : Auteur
Aung Ko Win
- Fonction : Auteur
Alicja Wolk
- Fonction : Auteur
- PersonId : 784020
- ORCID : 0000-0001-7387-6845
Michael Woods
- Fonction : Auteur
Anna Wu
- Fonction : Auteur
Syed Zaidi
- Fonction : Auteur
Brent Zanke
- Fonction : Auteur
Qing Zhang
- Fonction : Auteur
- PersonId : 770376
- ORCID : 0000-0002-6595-8995
Wei Zheng
- Fonction : Auteur
- PersonId : 756070
- ORCID : 0000-0003-1226-070X
Peter Scacheri
- Fonction : Auteur
John Potter
- Fonction : Auteur
Michael Bassik
- Fonction : Auteur
Li Hsu
- Fonction : Auteur
Résumé
To further dissect the genetic architecture of colorectal cancer (CRC), we performed whole-genome sequencing of 1,439 cases and 720 controls, imputed discovered sequence variants and Haplotype Reference Consortium panel variants into genome-wide association study data, and tested for association in 34,869 cases and 29,051 controls. Findings were followed up in an additional 23,262 cases and 38,296 controls. We discovered a strongly protective 0.3% frequency variant signal at CHD1. In a combined meta-analysis of 125,478 individuals, we identified 40 new independent signals at P < 5 × 10−8, bringing the number of known independent signals for CRC to ~100. New signals implicate lower-frequency variants, Krüppel-like factors, Hedgehog signaling, Hippo-YAP signaling, long noncoding RNAs and somatic drivers, and support a role for immune function. Heritability analyses suggest that CRC risk is highly polygenic, and larger, more comprehensive studies enabling rare variant analysis will improve understanding of biology underlying this risk and influence personalized screening strategies and drug development.
Origine | Fichiers produits par l'(les) auteur(s) |
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