On a vu ces 20 dernières années une montée en puissance de la prise en compte de la biodiversité et de ses rôles en agriculture dans les recherches de l'lnra, avec des changements de paradigmes majeurs en réponse à la nécessité de considérer et de préserver la santé des écosystèmes et des hommes. Les études documentant le déclin de la biod1versité des milieux agricoles ont stimulé le développement d'outils de caractérisation de la biodiversité tandis que l'écologie fonctionnelle a alimenté la compréhension des liens entre biodiversité et fonctionnement des écosystèmes. L'expertise scientifique collective "Agriculture et biodiversité : valoriser les synergies" de 2008 marque un tournant ;on reconnaît que la biodiversité sauvage se déployant naturellement dans les milieux agricoles est aussi un atout pour l'agriculture. La valorisation de la biodiversité pour la fourniture de fonctions et de services devient un champ de recherche majeur au sein de l'institut. Le Chantier Agroécologie initié en 2011 a orienté les recherches sur l'identification d'options agronomiques intégrant le pilotage et la gestion de la biodiversité domestique, planifiée par le gestionnaire,mais aussi de ses interactions avec la biodiversité sauvage.