Genomic analyses inform on migration events during the peopling of Eurasia
Luca Pagani
,
Daniel John Lawson
,
Evelyn Jagoda
,
Alexander Mörseburg
,
Anders Abdullah
,
Mari Mitt
,
Florian Clemente
,
Georgi Hudjashov
,
Michael Degiorgio
,
Lauri Saag
,
Jeffrey Wall
,
Alexia Cardona
,
Reedik Mägi
,
Melissa Wilson Sayres
,
Sarah Kaewert
,
Charlotte Inchley
,
Chris Scheib
,
Mari Järve
,
Monika Karmin
,
Guy Jacobs
,
Tiago Antao
,
Florin Mircea Iliescu
,
Alena Kushniarevich
,
Qasim Ayub
,
Chris Tyler-Smith
(1)
,
Yali Xue
(2)
,
Bayazit Yunusbayev
,
Kristiina Tambets
,
Chandana Basu Mallick
,
Lehti Saag
,
Elvira Pocheshkhova
,
George Andriadze
,
Craig Muller
,
Michael Westaway
,
David Lambert
,
Grigor Zoraqi
,
Shahlo Turdikulova
,
Dilbar Dalimova
,
Zhaxylyk Sabitov
,
Gazi Nurun Nahar Sultana
,
Joseph Lachance
,
Sarah Tishkoff
(3)
,
Kuvat Momynaliev
,
Jainagul Isakova
(4)
,
Larisa Damba
,
Marina Gubina
,
Pagbajabyn Nymadawa
(5)
,
Irina Evseeva
(6)
,
Lubov Atramentova
,
Olga Utevska
,
Francois-Xavier Ricaut
(7)
,
Nicolas Brucato
(7)
,
Herawati Sudoyo
,
Thierry Letellier
(8)
,
Murray Cox
,
Nikolay Barashkov
,
Vedrana Skaro
,
Lejla Mulahasanovic
,
Dragan Primorac
,
Hovhannes Sahakyan
,
Maru Mormina
(9)
,
Christina Eichstaedt
,
Daria Lichman
,
Syafiq Abdullah
,
Gyaneshwer Chaubey
,
Joseph Wee
,
Evelin Mihailov
,
Alexandra Karunas
,
Sergei Litvinov
,
Rita Khusainova
,
Natalya Ekomasova
,
Vita Akhmetova
,
Irina Khidiyatova
,
Damir Marjanović
,
Levon Yepiskoposyan
,
Doron Behar
,
Elena Balanovska
,
Andres Metspalu
(10)
,
Miroslava Derenko
,
Boris Malyarchuk
,
Mikhail Voevoda
,
Sardana Fedorova
,
Ludmila Osipova
(11)
,
Marta Mirazón Lahr
,
Pascale Gerbault
,
Matthew Leavesley
,
Andrea Migliano
,
Michael D Petraglia
(12)
,
Oleg Balanovsky
(13)
,
Elza K. Khusnutdinova
(14)
,
Ene Metspalu
(15)
,
Mark Thomas
,
Andrea Manica
,
Rasmus Nielsen
(16)
,
Richard Villems
(17)
,
Eske Willerslev
(18)
,
Toomas Kivisild
(9)
,
Mait Metspalu
(15)
,
Anders Eriksson
(19)
,
Mario Mitt
,
Melissa Sayres
,
Christiana Scheib
,
Mari Gubina
,
Vedrana Škaro
,
Lejla Mulahasanovic´
,
Chris Eichstaedt
,
Andrea Bamberg Migliano
1
Wellcome Trust Genome Campus
2 Human Evolution
3 University of Pennsylvania
4 Institute of Molecular Biology and Medicine
5 INSPIRE - International Network for the Sequencing of resPIRratory vIrusEs
6 Department of Oncology
7 Human Genetics
8 Physiopathologie mitochondriale
9 Leverhulme Centre for Human Evolutionary Studies University of Cambridge
10 The Estonian Genome Center
11 Institute of Cytology and Genetics
12 School of Archaeology
13 Russian Academy of Medical Sciences
14 Institute of Biochemistry and Genetics [Bashkortostan Republic, Russia]
15 University of Tartu
16 Dept Integrat Biol
17 UAABC - Anthropologie Bio-Culturelle
18 Section for GeoGenetics
19 IRF - Swedish Institute of Space Physics [Uppsala / Kiruna]
2 Human Evolution
3 University of Pennsylvania
4 Institute of Molecular Biology and Medicine
5 INSPIRE - International Network for the Sequencing of resPIRratory vIrusEs
6 Department of Oncology
7 Human Genetics
8 Physiopathologie mitochondriale
9 Leverhulme Centre for Human Evolutionary Studies University of Cambridge
10 The Estonian Genome Center
11 Institute of Cytology and Genetics
12 School of Archaeology
13 Russian Academy of Medical Sciences
14 Institute of Biochemistry and Genetics [Bashkortostan Republic, Russia]
15 University of Tartu
16 Dept Integrat Biol
17 UAABC - Anthropologie Bio-Culturelle
18 Section for GeoGenetics
19 IRF - Swedish Institute of Space Physics [Uppsala / Kiruna]
Luca Pagani
- Fonction : Auteur
Daniel John Lawson
- Fonction : Auteur
Evelyn Jagoda
- Fonction : Auteur
Alexander Mörseburg
- Fonction : Auteur
Anders Abdullah
- Fonction : Auteur
Mari Mitt
- Fonction : Auteur
Florian Clemente
- Fonction : Auteur
Georgi Hudjashov
- Fonction : Auteur
Michael Degiorgio
- Fonction : Auteur
Lauri Saag
- Fonction : Auteur
Jeffrey Wall
- Fonction : Auteur
Alexia Cardona
- Fonction : Auteur
Reedik Mägi
- Fonction : Auteur
Melissa Wilson Sayres
- Fonction : Auteur
Sarah Kaewert
- Fonction : Auteur
Charlotte Inchley
- Fonction : Auteur
Chris Scheib
- Fonction : Auteur
Mari Järve
- Fonction : Auteur
Monika Karmin
- Fonction : Auteur
Guy Jacobs
- Fonction : Auteur
Tiago Antao
- Fonction : Auteur
Florin Mircea Iliescu
- Fonction : Auteur
Alena Kushniarevich
- Fonction : Auteur
Qasim Ayub
- Fonction : Auteur
Bayazit Yunusbayev
- Fonction : Auteur
Kristiina Tambets
- Fonction : Auteur
Chandana Basu Mallick
- Fonction : Auteur
Lehti Saag
- Fonction : Auteur
Elvira Pocheshkhova
- Fonction : Auteur
George Andriadze
- Fonction : Auteur
Craig Muller
- Fonction : Auteur
Michael Westaway
- Fonction : Auteur
David Lambert
- Fonction : Auteur
Grigor Zoraqi
- Fonction : Auteur
Shahlo Turdikulova
- Fonction : Auteur
Dilbar Dalimova
- Fonction : Auteur
Zhaxylyk Sabitov
- Fonction : Auteur
Gazi Nurun Nahar Sultana
- Fonction : Auteur
Joseph Lachance
- Fonction : Auteur
Kuvat Momynaliev
- Fonction : Auteur
Larisa Damba
- Fonction : Auteur
Marina Gubina
- Fonction : Auteur
Lubov Atramentova
- Fonction : Auteur
Olga Utevska
- Fonction : Auteur
Francois-Xavier Ricaut
- Fonction : Auteur
- PersonId : 181458
- IdHAL : francois-xavier-ricaut
- ORCID : 0000-0001-7609-7898
- IdRef : 139293590
Herawati Sudoyo
- Fonction : Auteur
Murray Cox
- Fonction : Auteur
Nikolay Barashkov
- Fonction : Auteur
Vedrana Skaro
- Fonction : Auteur
Lejla Mulahasanovic
- Fonction : Auteur
Dragan Primorac
- Fonction : Auteur
Hovhannes Sahakyan
- Fonction : Auteur
Christina Eichstaedt
- Fonction : Auteur
Daria Lichman
- Fonction : Auteur
Syafiq Abdullah
- Fonction : Auteur
Gyaneshwer Chaubey
- Fonction : Auteur
Joseph Wee
- Fonction : Auteur
Evelin Mihailov
- Fonction : Auteur
Alexandra Karunas
- Fonction : Auteur
Sergei Litvinov
- Fonction : Auteur
Rita Khusainova
- Fonction : Auteur
Natalya Ekomasova
- Fonction : Auteur
Vita Akhmetova
- Fonction : Auteur
Irina Khidiyatova
- Fonction : Auteur
Damir Marjanović
- Fonction : Auteur
Levon Yepiskoposyan
- Fonction : Auteur
Doron Behar
- Fonction : Auteur
Elena Balanovska
- Fonction : Auteur
Miroslava Derenko
- Fonction : Auteur
Boris Malyarchuk
- Fonction : Auteur
Mikhail Voevoda
- Fonction : Auteur
Sardana Fedorova
- Fonction : Auteur
Marta Mirazón Lahr
- Fonction : Auteur
Pascale Gerbault
- Fonction : Auteur
Matthew Leavesley
- Fonction : Auteur
Andrea Migliano
- Fonction : Auteur
Michael D Petraglia
- Fonction : Auteur
- PersonId : 792029
- ORCID : 0000-0003-2522-5727
Mark Thomas
- Fonction : Auteur
- PersonId : 758180
- ORCID : 0000-0002-2452-981X
Andrea Manica
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771172
- ORCID : 0000-0003-1895-450X
Anders Eriksson
- Fonction : Auteur
- PersonId : 771171
- ORCID : 0000-0003-3436-3726
Mario Mitt
- Fonction : Auteur
Melissa Sayres
- Fonction : Auteur
Christiana Scheib
- Fonction : Auteur
Mari Gubina
- Fonction : Auteur
Vedrana Škaro
- Fonction : Auteur
Lejla Mulahasanovic´
- Fonction : Auteur
Chris Eichstaedt
- Fonction : Auteur
Andrea Bamberg Migliano
- Fonction : Auteur
Résumé
High-coverage whole-genome sequence studies have so far focused on a limited number of geographically restricted populations, or been targeted at specific diseases, such as cancer. Nevertheless, the availability of high-resolution genomic data has led to the development of new methodologies for inferring population history and refuelled the debate on the mutation rate in humans. Here we present the Estonian Biocentre Human Genome Diversity Panel (EGDP), a dataset of 483 high-coverage human genomes from 148 populations worldwide, including 379 new genomes from 125 populations, which we group into diversity and selection sets. We analyse this dataset to refine estimates of continent-wide patterns of heterozygosity, long- and short-distance gene flow, archaic admixture, and changes in effective population size through time as well as for signals of positive or balancing selection. We find a genetic signature in present-day Papuans that suggests that at least 2% of their genome originates from an early and largely extinct expansion of anatomically modern humans (AMHs) out of Africa. Together with evidence from the western Asian fossil record, and admixture between AMHs and Neanderthals predating the main Eurasian expansion, our results contribute to the mounting evidence for the presence of AMHs out of Africa earlier than 75,000 years ago.