Les thèmes transversaux ont été conçus collectivement pour renforcer les liens entre les composantes de l'UMR 7041. Il s'agissait de transformer en richesse une grande diversité de pratiques, de traditions académiques et même parfois de postures épistémologiques. Pour cela, des thématiques larges, susceptibles d'intéresser toutes les équipes, ont été choisies. Ces thèmes transversaux couvrent tous les champs de l'archéologie, voire de l'ensemble des sciences humaines. Il s'agit d'étudier les moyens d'acti n des communautés humaines sur le milieu naturel (thème 1), l'espace construit (thème 8, qui vient d 'être créé), la matière (thème 3), les humains (thème 2), enfin les forces surnaturelles (thème 6) ; il s'agit de cerner les processus cognitifs, d 'une part les diverses représentations textuelles et iconiques (thème 4), d'autre part la formation des identités (thème 5) ; enfin un dernier thème traite des problèmes méthodologiques et théoriques. Ces champs sont conçus comme des catégories analytiques, susceptibles de synthèses croisées, car ils sont, dans la réalité, toujours entrelacés.