As ciências cognitivas, como domínio interdisciplinar envolvendo disciplinas científicas (como a ciência da computação, a linguística, a psicologia, as neurociências, a economia, etc.), filosóficas (filosofia da linguagem, filosofia da mente, filosofia analítica, etc.) e engenharias (notadamente a engenharia do conhecimento), possuem um vasto corpo teórico e prático, alguns mesmo conflitantes. Neste contexto interdisciplinar e voltado para a modelagem computacional, as ontologias cumprem um papel essencial na comunicação entre disciplinas e também no processo de inovação de teorias, modelos e experimentos em ciências cognitivas. Este processo é enfatizado aqui. Um engajamento ontológico é defendido como marco de um realismo científico, o que leva a modelagem computacional à busca de modelos mais realistas, mais próximos de uma perspectiva sistemas complexos da natureza e da cognição. Neste sentido a modelagem multiagente de sistemas complexos vem cumprindo um papel de destaque.