Avec l’évolution récente des modèles mathématiques vers des simulations informatiques, les formalisations du vivant sont de plus en plus intégratives, mixtes et, en un sens, réalistes. Plus généralement, les formalisations d’objets complexes deviennent assises sur et non plus seulement traitées par l’infrastructure informatique. Quelle est la véritable portée épistémologique de cette empirie simulée? Comment la distinguer de la créativité proprement interne aux mathématiques dont la philosophie des sciences a déjà su rendre compte? En se penchant sur les modèles de plantes, cette enquête historique et épistémologique montre comment une telle évolution bouleverse les épistémologies contemporaines des formalisations et des modèles (dont l’iconoclasme épistémologique si vivace au XXe siècle) en renouvelant d’une part la question des rapports entre mathématiques, calcul, langage informatique et réplication, et d’autre part la question de l’intégration, dans un objet formel commun, de savoirs disciplinaires distincts.