The value of universally available raw NMR data for transparency, reproducibility, and integrity in natural product research - Archive ouverte HAL
Article Dans Une Revue Natural Product Reports Année : 2019

The value of universally available raw NMR data for transparency, reproducibility, and integrity in natural product research

James B. Mcalpine (1) , Shao-Nong Chen , Andrei Kutateladze , John Macmillan (2) , Giovanni Appendino (3) , Andersson Barison (4) , Mehdi Beniddir , Maique Biavatti , Stefan Bluml , Asmaa Boufridi (5) , Mark Butler , Robert Capon , Young Choi , David Coppage , Phillip Crews , Michael Crimmins , Marie Csete , Pradeep Dewapriya , Joseph Egan , Mary Garson , Grégory Genta-Jouve (6, 7) , William Gerwick , Harald Gross (8) , Mary Harper , Mark Hermanto , James Hook (9) , Mark Hunter , Damien Jeannerat (10) , Nai-Yun Ji , Tyler A. Johnson (11) , David Kingston , Hiroyuki Koshino , Hsiau-Wei Lee , Guy Lewin , Jie Li (12) , Roger Linington, , Miaomiao Liu , Kerry Mcphail , Tadeusz Molinski , Bradley Moore , Joo-Won Nam , Ram Neupane , Matthias Niemitz , Jean-Marc Nuzillard (13) , Nicholas Oberlies , Fernanda Ocampos , Guohui Pan (14) , Ronald Quinn , D. Sai Reddy , Jean-Hugues Renault (13) , José Rivera-Chávez , Wolfgang Robien , Carla Saunders , Thomas J. Schmidt (15) , Christoph Seger , Ben Shen , Christoph Steinbeck (16) , Hermann Stuppner (17) , Sonja Sturm , Orazio Taglialatela-Scafati , Dean Tantillo , Robert Verpoorte (18) , Bin-Gui Wang , Craig Williams , Philip G. Williams , Julien Wist , Jian-Min Yue , Chen Zhang (19) , Zhengren Xu , Charlotte Simmler , David Lankin , Jonathan Bisson , Guido Pauli
1 Thallion Pharmaceuticals Inc.
2 Brunel University London [Uxbridge]
3 Dipartimento di Scienze Chimiche
4 Departamento de Química
5 MBCIS - Molécules bioactives, conception, isolement et synthèse
6 UMR 8638 - Equipe C-TAC
7 USPC - Université Sorbonne Paris Cité
8 Eberhard Karls Universität Tübingen = University of Tübingen
9 UNSW - University of New South Wales [Sydney]
10 UNIGE - Université de Genève = University of Geneva
11 Department of Chemistry and Biochemistry, University of California
12 Center for Marine Biotechnology and Biomedicine
13 ICMR - Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312
14 CAS - Chinese Academy of Sciences [Beijing]
15 WWU - Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
16 EMBL-EBI - European Bioinformatics Institute [Hinxton]
17 Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck
18 DIVISION OF PHARMACOGNOSY - Section Metabolomics
19 INERIS - Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques
James B. Mcalpine
  • Fonction : Auteur
Thallion Pharmaceuticals Inc.
Shao-Nong Chen
  • Fonction : Auteur
Andrei Kutateladze
  • Fonction : Auteur
John Macmillan
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 894239
Brunel University London [Uxbridge]
Giovanni Appendino
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 915650
Dipartimento di Scienze Chimiche
Andersson Barison
  • Fonction : Auteur
Departamento de Química
Mehdi Beniddir
Maique Biavatti
  • Fonction : Auteur
Stefan Bluml
  • Fonction : Auteur
Asmaa Boufridi
  • Fonction : Auteur
Molécules bioactives, conception, isolement et synthèse
Mark Butler
  • Fonction : Auteur
Robert Capon
  • Fonction : Auteur
Young Choi
  • Fonction : Auteur
David Coppage
  • Fonction : Auteur
Phillip Crews
  • Fonction : Auteur
Michael Crimmins
  • Fonction : Auteur
Marie Csete
  • Fonction : Auteur
Pradeep Dewapriya
  • Fonction : Auteur
Joseph Egan
  • Fonction : Auteur
Mary Garson
  • Fonction : Auteur
Grégory Genta-Jouve
Equipe C-TAC
Université Sorbonne Paris Cité
CV
William Gerwick
  • Fonction : Auteur
Harald Gross
Eberhard Karls Universität Tübingen = University of Tübingen
Mary Harper
  • Fonction : Auteur
Mark Hermanto
  • Fonction : Auteur
James Hook
  • Fonction : Auteur
University of New South Wales [Sydney]
Mark Hunter
  • Fonction : Auteur
Damien Jeannerat
  • Fonction : Auteur
Université de Genève = University of Geneva
Nai-Yun Ji
  • Fonction : Auteur
Tyler A. Johnson
  • Fonction : Auteur
Department of Chemistry and Biochemistry, University of California
David Kingston
  • Fonction : Auteur
Hiroyuki Koshino
  • Fonction : Auteur
Hsiau-Wei Lee
  • Fonction : Auteur
Guy Lewin
  • Fonction : Auteur
Jie Li
Center for Marine Biotechnology and Biomedicine
Roger Linington,
  • Fonction : Auteur
Miaomiao Liu
  • Fonction : Auteur
Kerry Mcphail
  • Fonction : Auteur
Tadeusz Molinski
  • Fonction : Auteur
Bradley Moore
Joo-Won Nam
  • Fonction : Auteur
Ram Neupane
  • Fonction : Auteur
Matthias Niemitz
  • Fonction : Auteur
Jean-Marc Nuzillard
Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312
CV
Nicholas Oberlies
  • Fonction : Auteur
Fernanda Ocampos
  • Fonction : Auteur
Guohui Pan
  • Fonction : Auteur
Chinese Academy of Sciences [Beijing]
Ronald Quinn
  • Fonction : Auteur
D. Sai Reddy
  • Fonction : Auteur
Jean-Hugues Renault
Institut de Chimie Moléculaire de Reims - UMR 7312
CV
José Rivera-Chávez
  • Fonction : Auteur
Wolfgang Robien
  • Fonction : Auteur
Carla Saunders
  • Fonction : Auteur
Thomas J. Schmidt
  • Fonction : Auteur
Westfälische Wilhelms-Universität Münster = University of Münster
Christoph Seger
  • Fonction : Auteur
Ben Shen
  • Fonction : Auteur
Christoph Steinbeck
  • Fonction : Auteur
European Bioinformatics Institute [Hinxton]
Hermann Stuppner
Leopold Franzens Universität Innsbruck - University of Innsbruck
Sonja Sturm
  • Fonction : Auteur
Orazio Taglialatela-Scafati
  • Fonction : Auteur
Dean Tantillo
  • Fonction : Auteur
Robert Verpoorte
  • Fonction : Auteur
  • PersonId : 895392
Section Metabolomics
Bin-Gui Wang
  • Fonction : Auteur
Craig Williams
  • Fonction : Auteur
Philip G. Williams
  • Fonction : Auteur
Julien Wist
  • Fonction : Auteur
Jian-Min Yue
  • Fonction : Auteur
Chen Zhang
  • Fonction : Auteur
Institut National de l'Environnement Industriel et des Risques
Zhengren Xu
  • Fonction : Auteur
Charlotte Simmler
CV
David Lankin
  • Fonction : Auteur
Jonathan Bisson
  • Fonction : Auteur
Guido Pauli
  • Fonction : Auteur

Résumé

With contributions from the global natural product (NP) research community, and continuing the Raw Data Initiative, this review collects a comprehensive demonstration of the immense scientific value of disseminating raw nuclear magnetic resonance (NMR) data, independently of, and in parallel with, classical publishing outlets. A comprehensive compilation of historic to present-day cases as well as contemporary and future applications show that addressing the urgent need for a repository of publicly accessible raw NMR data has the potential to transform natural products (NPs) and associated fields of chemical and biomedical research. The call for advancing open sharing mechanisms for raw data is intended to enhance the transparency of experimental protocols, augment the reproducibility of reported outcomes, including biological studies, become a regular component of responsible research, and thereby enrich the integrity of NP research and related fields.

Domaines

Chimie analytique Chemo-informatique Chimie inorganique
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Jean-Hugues Renault  : Connectez-vous pour contacter le contributeur

https://hal.science/hal-01995061

Soumis le : vendredi 10 septembre 2021-14:58:18

Dernière modification le : vendredi 24 mai 2024-09:24:06

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Dates et versions

hal-01995061 , version 1 (10-09-2021)

Identifiants

Citer

James B. Mcalpine, Shao-Nong Chen, Andrei Kutateladze, John Macmillan, Giovanni Appendino, et al.. The value of universally available raw NMR data for transparency, reproducibility, and integrity in natural product research. Natural Product Reports, 2019, 36 (1), pp.35-107. ⟨10.1039/c7np00064b⟩. ⟨hal-01995061⟩

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