Giardia duodenalis, Cryptosporidium spp. et Toxoplasma gondii sont des parasites protozoaires qui ont été soulignés comme agents pathogènes émergents dans les aliments par l’Organisation des Nations Unies pour l’alimentation et l’agriculture et l’Organisation Mondiale de la Santé. Selon l’Autorité Européenne de Sécurité des Aliments, 4786 épidémies d’origine alimentaire et hydrique ont été enregistrées en Europe en 2016, dont 0.4% ont été attribuées à des parasites, incluant Cryptosporidium, Giardia et Trichinella. Jusqu’en 2016, aucune méthode standardisée n’était disponible pour détecter les kystes de Giardia et les oocystes de Cryptosporidium et Toxoplasma dans les aliments. Aucune réglementation n’est donc proposée concernant ces dangers. Cependant, compte tenu de leur faible dose infectieuse, l’ingestion d’une quantitéd’aliments faiblement contaminés peut entraîner une infection de l’homme. Pour évaluer le risque lié aux protozoaires dans les aliments, des efforts doivent être faits dans l’évaluation de l’exposition pour estimer la contamination le long de la chaîne alimentaire, depuis la matière première jusqu’aux consommateurs. Cette évaluation nécessite de déterminer : (i) la prévalence de parasites infectieux dans les aliments, (ii) l’efficacité des mesures de maîtrise pour éliminer cette contamination. Pour mener une telle évaluation, des méthodes capables d’identifier des parasites viables (vivants) et infectieux sont requises. Cette revue décrit les méthodes actuellement disponibles permettant d’évaluer l’infectiosité et la viabilité des kystes de G. duodenalis et des oocystes de Cryptosporidium spp. et T. gondii, et leur potentiel pour être appliquées dans l’évaluation de l’exposition pour déterminer la présence de parasites infectieux et/ou caractériser l’efficacité des mesures de maîtrise. Les avantages et limites de chaque méthode sont présentés et une stratégie d’analyses est proposée pour évaluer l’exposition à ces protozoaires.