Alors que l'Unité provisoire d'Eurojust vient juste d'être mise en fonction se pose la question du rapport entre Eurojust et Europol. La réponse est d'autant plus délicate qu'elle n'est pas seulement d'ordre technique mais aussi politique. Deux types de relations entre Eurojust et Europol sont concevables. Soit ils sont placés sur le même plan ; alors, tous deux coopèrent sur un pied d'égalité Cela se traduit concrètement par un échange mutuel d'informations criminelles. Soit il existe une hiérarchie entre eux ; la relation entre Eurojust et Europol est dès lors caractérisée par un rapport d'autorité Dans une telle hypothèse Eurojust contrôle, voire même dirige Europol et peut être considéré comme un véritable parquet européen.