Depuis les années 1990, des mesures de protection de la qualité de l’eau existent en Europe comme en France mais vingt ans plus tard, les pollutions de l’eau notamment dues à l’activité agricole perdurent. Afin de les limiter, les Agences de l’eau encouragent des modes de production agricoles plus favorables. Grâce au cadre d’analyse de la résilience des Systèmes Alimentaires (SA), nous étudions les dynamiques environnementales engagées par les acteurs de ces systèmes, pour faire face à la dégradation des ressources naturelles dont l’eau. Au travers d’études de cas en viticulture et en arboriculture dans le Sud-Est de la France, nous montrons que les acteurs des SA répondent à ces perturbations par des dynamiques complexes. Elles reposent sur des actions complémentaires mises en cohérence par des acteurs clés. Elles dépendent aussi de la structure du SA, de sa dimension verticale liée au marché comme de sa dimension horizontale territoriale.