Comme tout système biologique, les réseaux génétiques se situent au croisement de trois schémas explicatifs différents. La structure d'un réseau peut en effet être expliquée par sa finalité. Le mécanisme de régulation est indispensable à la cellule et on peut expliquer sa structure par son action sur la cellule : telle ou telle structure est présente parce qu'elle régule telle ou telle fonction. A l'opposé, on peut expliquer la structure d'un réseau par la cause physique de la régulation : tel facteur de transcription régule tel gène parce qu'il interagit avec son promoteur. On peut ainsi déduire des caractéristiques physiques des composants ou du milieu certaines des propriétés des réseaux. Enfin, le troisième scheme explicatif est de l'ordre de l'histoire évolutive : il s'agit de la cause évolutive. En effet, tout réseau génétique est là, ici et maintenant, avec sa structure propre, ``parce que l'évolution''.