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Communication Dans Un Congrès Année : 2017

Identification de régions génomiques candidates pour le pH ultime de la viande par détection de signatures de sélection et de QTL au sein de lignées divergentes de poulet de chair

Résumé

The ultimate pH (pHu) is a major determinant of the technological and sensory properties of chicken meat. It seems also to be associated with the development of muscular defects such as White Striping or Wooden Breast. While a strong genetic component of this trait has been demonstrated, genes controlling pHu remain unknown. The aim of the present study was to look for candidate genomic regions by taking advantage of a unique resource population of two divergent lines selected for the breast meat ultimate pH from a commercial fast-growing line. Two complementary approaches were applied: detection of selection signatures at each of the first 5 generations of selection (G1 to G5) and QTL mapping by genome-wide association study at the sixth generation (G6). Thanks to genotyping with the 57K Illumina SNP array of 288 sires from generations G0 to G5, we identified more than one hundred selection signatures. They determined 63 candidate regions, among which some were selected from the first generation and remained significant throughout the selection process. GWAS analysis of 558 phenotyped and genotyped animals revealed 24 QTL regions for breast meat pHu and 10 QTL for thigh meat pHu. Our results indic
Le pH ultime (pHu) est un déterminant majeur des propriétés technologiques et sensorielles de la viande de poulet. Il semble également associé au développement de défauts musculaires tels que les striations blanches ou le Wooden Breast. Alors qu’une forte composante génétique de ce caractère a été mise en évidence, les gènes contrôlant le pHu restent inconnus. L’objectif de notre étude était de rechercher des régions génomiques candidates en exploitant un modèle unique de deux lignées divergentes sélectionnées pour le pH ultime du filet à partir d’une souche commerciale à croissance rapide. Deux approches complémentaires ont été mises en oeuvre : la détection de signatures de sélection à chacune des 5 premières générations de sélection (G1 à G5) et la détection de QTL à la sixième génération (G6). Le génotypage grâce à la puce SNP Illumina 57K de 288 pères des générations G0 à G5 a conduit à l’identification de plus d’une centaine de signatures de sélection. Elles déterminent 63 régions candidates dont quelques-unes sont sélectionnées dès la première génération puis tout au long du processus de sélection. L’analyse GWAS de 558 animaux phénotypés et génotypés a mis en évidence 24 régions QTL pour le pHu du filet et 10 pour le pHu de la cuisse. L’ensemble de ces résultats va dans le sens d’un déterminisme polygénique du pH ultime de la viande tout en révélant le rôle important de plusieurs régions candidates.
Fichier non déposé

Dates et versions

hal-01608742 , version 1 (03-10-2017)

Identifiants

  • HAL Id : hal-01608742 , version 1
  • PRODINRA : 396285

Citer

Elisabeth Duval, Christelle Hennequet-Antier, Cécile Berri, Stéphane Beauclercq, Marie Bourin, et al.. Identification de régions génomiques candidates pour le pH ultime de la viande par détection de signatures de sélection et de QTL au sein de lignées divergentes de poulet de chair. 12. Journées de la Recherche Avicole et des Palmipèdes à Foie Gras, Apr 2017, Tours, France. 1124 p. ⟨hal-01608742⟩
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