Le mot microbe désigne dans le langage courant des micro-organismes (visibles seulement au microscope) que l'on peut classer en champignons (moisissures, levures), bactéries, virus. Pour cette conférence nous retenons les deux premières catégories (nous parlerons plus spécialement des virus dans notre programmation sur le système immunitaire et les vaccins). Ces êtres vivants, constitués d'une seule cellule, peuvent trouver dans nos aliments un milieu de vie favorable (eau, nutriments, oxygène si besoin) leur permettant de se reproduire.