Notre objectif est d’étudier le rôle potentiel des marques épigénétiques dans l’expression des phénotypes et de leur variabilité chez les poissons, et en particulier la variabilité génétique des marques épigénétiques en réponse à un stress environnemental. Nous nous appuierons sur un modèle biologique original, les lignées isogéniques de truite arc-en-ciel. Dans cette étude, nous avons choisi la température car de nombreuses études ont montré qu’il existe un déterminisme génétique de la thermotolérance (recherche de QTL par exemple). De plus, nous avons récemment caractérisé des lignées isogéniques de truite pour leur réponse à la température et montré une grande variabilité inter lignée de la réponse à différents régimes thermiques. L’objectif est maintenant de mieux comprendre les mécanismes d’adaptation impliqués, i.e. pourquoi certaines lignées sont plus tolérantes que d’autres à un choc thermique. Dans ce cadre, l’implication de mécanismes épigénétiques dans la variabilité de la réponse à la température, est une hypothèse que nous souhaitons tester. Cette hypothèse s’appuie sur plusieurs études montrant que la température est aussi un facteur d’induction de marques épigénétiques chez les poissons, et que ces marques peuvent influencer le phénotype (le sexe gonadique dans les études disponibles). Dans ce projet, nous étudierons quatre questions principales : i) Le régime thermique subi pendant les phases précoces du développement entraîne-t-il des modifications épigénétiques ? (ii) Le régime précoce subi impacte t-il la réponse à un stress ultérieur ? ; (iii) Y a-t-il un lien entre marques épigénétiques et phénotypes (en moyenne et variabilité) ? iv) Existe-t-il une variabilité génétique pour les marques épigénétiques? Le matériel biologique sera constitué de 6 à 8 lignées isogéniques hétérozygotes (3-4 « sensibles » et 3-4 « tolérantes » à un challenge thermique). Dans chaque lignée, la moitié des œufs sera incubée à température standard, l’autre moitié subira une manipulation thermique précoce (i.e. température d’incubation chaude). Un choc thermique aigu sera appliqué ultérieurement sur les alevins pour révéler l’effet de l’exposition précoce à des températures élevées sur la réponse au stress tardif. D’autre part, la croissance individuelle et divers paramètres physiologiques seront suivis. L’objectif sera de comparer les marques épigénétiques intra-lignée entre les deux conditions (température d’incubation standard versus chaude) et inter-lignées (entre lignées sensibles et entre lignées tolérantes ; mais également entre lignées sensibles versus tolérantes). Les méthodologies envisagées pour l’étude de la méthylation de l’ADN sont : LUMA, MSAP, EpiRADseq et éventuellement RRBS.