Les spores bactériennes contaminent la plupart des matières premières et des ingrédients alimentaires. Les conditions de transformation et de conservation des aliments se traduisent par une grande diversité de conditions physico-chimiques susceptibles de sélectionner des bactéries sporulantes. La résistance des spores leur permet de survivre aux traitements thermiques (pasteurisation, cuisson, et pour certaines appertisation), au séchage, aux procédés d’acidification. Certaines espèces possèdent des capacités d’adaptation aux basses températures, à l’anaérobiose, aux bas pH et dans une moindre mesure aux fortes teneurs en sels, leur permettant de se développer dans les aliments réfrigéré, conservés sous vide, acides ou en saumure. Cette large gamme d’aliments favorables aux bactéries sporulantes est sans doute la conséquence de la diversité des niches écologiques qu’elles colonisent. Quelques exemples illustrent les voies de contamination des réservoirs aux aliments. Le développement de bactéries sporulantes dans les aliments se traduit le plus souvent par des phénomènes d’altération, pouvant toucher toutes le filières alimentaires, produits laitiers, viandes, ovoproduits, fruits et légumes frais et transformés, céréales. Suivant la composition et la structure de l’aliment le déclenchement de l’altération dépendra plus ou moins étroitement de la disponibilité en certains substrats et/ou de l’évolution de la matrice au cours de la conservation. Etant particulièrement difficiles à éliminer les bactéries sporulantes d’altération représentent souvent des limites pour les barèmes de transformation des aliments ou des cibles de référence pour les pratiques d’hygiènes en industries alimentaires. Un petit nombre de bactéries sporulantes sont des pathogènes de l’homme transmissibles par voie alimentaire, sous forme d’infection (Clostridium perfringens, Bacillus cereus) ou d’intoxination (Clostridium botulinum, B. cereus). Bien que rare, la forte mortalité des intoxinations à C. botulinum ont conduit les secteurs de la transformation des aliments concernés à définir leurs procédés dans l’objectifs d’empêcher sa survie ou son développement. Inversement, la forte fréquence des infections à C. perfringens et leur association étroite avec des défauts de gestion des températures en restauration collective, en ont fait la cible des réglementations sur le refroidissement des aliments après cuisson. Le nombre des toxi-infections à B. cereus a augmenté en France et en Europe ces dernières années, sans qu’il soit possible de savoir s’il s’agit d’un biais de la surveillance épidémiologique ou d’une réalité. B. cereus pose une difficulté particulière aux industries alimentaires par sa grande diversité d’adaptation, allant de souches psychrotrophes à des souches sub -thermophiles, ce qui rend difficile la définition de barèmes adaptés pour sa maîtrise. La découverte que cette diversité de comportements correspond à la structure phylogénétique de l’espèce peut ouvrir la voie à une lutte plus ciblée contre ce pathogène. La diversité des usages de B. cereus dans les filières agro-alimentaires pose une deuxième difficulté. Certaines souches ont été utilisées avec succès comme probiotiques pour les animaux de rentes, et d’autre, sous le nom de Bacillus thuringiensis sont des bio-insecticides très efficaces. L’introduction volontaire de souches d’une espèce pathogène dans la chaine de production des aliments pose de difficiles questions à l’appréciation des risques. Il en est de même pour les espèces Bacillus subtilis et Bacillus licheniformis, utilisées dans la chaine de production des aliments, principalement comme probiotiques en élevage et pour la production de certains aliments fermentés en Asie et en Afrique, mais qui ont aussi été la cause de quelques toxi-infections alimentaires.