Les microbes sont extrêmement abondants dans l’environnement où ils participent au cycle des éléments. Les propriétés de certaines communautés de microbes sont largement utilisées pour le traitement de nos déchets, pour la fertilisation de nos sols, pour la production d’énergie. L’eau et les courants aériens, permettent leur dissémination à l’échelle du globe. Par exemple des microbes sont transportés dans les nuages où ils participeraient à la formation des précipitations. Plus étonnant, les mêmes microbes sont aussi une cause de maladie des plantes cultivées. Le rôle de l’environnement comme réservoir de microbes est aussi bien connu pour des maladies humaines. L’adaptation de certains microbes à leur environnement serait même à l’origine de leur capacité à attaquer notre organisme. Dans un autre domaine, des microbes retrouvent dans nos industries des niches écologiques reproduisant les conditions extrêmes de leur environnement naturel. Dans l’environnement les microbes sont généralement exposés à des fluctuations brutales des conditions physico-chimiques et leur dissémination repose sur leur capacité à y survivre. Certains ont développé des formes de résistance appelées spores, assurant une survie de plusieurs années lorsque les conditions deviennent défavorables. D’autres s’associent en communautés fixées sur des supports. Dans tous les cas les microbes doivent modifier rapidement leur fonctionnement interne.